终极的证明标准是案件事实清楚，证据确实、充分。根据我国刑事诉讼法的规定，这一证明标准在侦查终结、提起公诉和有罪判决时三次使用。如何理解这种终极标准的在不同诉讼阶段的表述？它们之间的内在联系是什么？立法者的用意何在？搞清楚这个问题，对于我们正确掌握和运用证明标准具有重要的意义。
（三）案件“事实清楚，证据确实、充分”在侦查、起诉、审判中的表现形式
一是侦查终结时的“应当做到”。即“应当做到犯罪事实清楚，证据确实、充分”。《刑事诉讼法》第129条规定：“公安机关侦查终结的案件，应当做到犯罪事实清楚，证据确实、充分，并且写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。”这里用的是“应当做到”，这是法律的要求，实践中是否做到还要由检察机关在审查起诉阶段来审查来检验，最终要由法院来判断。与修改前的刑事诉讼法相比，法律对公安机关侦查终结的案件提出了比较高的要求。因为1979年《刑事诉讼法》第93条第2款规定：“公安机关侦查的案件，侦查终结后，应当写出起诉意见书或者免予起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。”原刑诉法对侦查的案件达到什么证明标准没有提出要求，修改后的刑事诉讼法的这一变化，一方面考虑检察机关退回补充侦查的次数被限制为两次，不能反复退查来解决事实不清证据不足的问题。另一方面提出证明标准来引导侦查取证的，使侦查工作更扎实，防止因工作疏漏，时过境迁，证据灭失，形成疑案、错案。“应当做到”是一种要求，是否做到还要接受检验和判断。证明标准前置到侦察阶段，体现了立法者对侦查机关的殷切期望。
“应当做到”作为一种要求，就可能有做不到的情况。对于确实做不到的，如何处理？《刑事诉讼法》没有作出明确规定，公安部《公安机关办理刑事案件程序规定》也没有作出具体的规定。为什么没有规定？笔者理解，公安机关侦查的案件通常是以事立案的，即“认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案”。至于犯罪嫌疑人是否明确，并不影响影响立案。既然立案不受犯罪嫌疑人是谁的直接影响，对于涉嫌犯罪的人，如果证据不足，不追究，并不等于案件要撤销，对涉嫌犯罪经查与案件无关的人可以解除强制措施，恢复自由，但案件还是存在的。只有针对具体人立案时，在证据不足情况下，才涉及是继续查证，还是撤案的问题。根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第168条规定：“经过侦查，发现具有下列情形之一的，应当撤销案件：（一）没有犯罪事实的；（二）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；（三）犯罪已过追诉时效期限的；（四）经特赦令免除刑罚的；（五）犯罪嫌疑人残死亡的；（六）其他依法不追究刑事责任的。”由此可见，撤案的条件中不包括案件事实不清，证据不足，如遇此情况，只能继续查证。但超过侦查中的羁押期限的，应当变更强制措施。对于变更为取保候审、监视居住后期限届满仍然没有查清案件事实的，能否作为证据不足不追究？还需要研究。从《人民检察院刑事诉讼规则》第242条所规定的没有采取强制措施的案件二年内，解除强制措施后的一年内应当对犯罪嫌疑人提出移送审查起诉、移送审查不起诉或者撤销案件的意见来看，在侦查阶段证据不足的案件也不能久侦不结，否则不利于保护当事人的合法权益。借鉴检察机关办理自行侦查案件的做法，公安机关对于证据不足的案件，在解除或者撤销强制措施后的一定时间内也应当对证据不足的案件的犯罪嫌疑人提出撤销案件的意见。
