另外，如果有关当事人还没有用尽体育组织的内部救济，根据CAS仲裁规则R47条规定，当事人就不能把对该体育组织裁决的异议上诉至CAS，CAS对此争议没有管辖权。譬如在T俱乐部与苏丹足协的仲裁案中，[16]仲裁庭裁定俱乐部提起上诉仲裁所反对的决定不是CAS仲裁规则第47条意义上的裁决，或者国际足联章程第61条第1款意义上的决定，而仅仅是一方当事人采取的程序性措施。苏丹足协内部条例没有规定向CAS提起仲裁的条款，当事人也没有达成一个特殊的仲裁协议，因此不能接受此类上诉，尽管根据国际足联章程第61条1款规定，国际足联成员所作的决定可以上诉至CAS。
4.仲裁庭自裁管辖权
根据前述《瑞士联邦国际私法》第186条规定，仲裁庭有权自我裁定是否享有管辖权，不用考虑同一争议的当事人是否在其他国家法律提起诉讼或者其他仲裁机构提起请求；对仲裁庭缺少管辖权的异议必须在对争议实体问题提出抗辩之前提出；通常，仲裁庭通过中间裁决的形式裁定自己是否享有管辖权。仲裁庭自裁管辖权是一项在国际仲裁中得到广为认可的原则，可以被认为是仲裁协议中的自治原则的必然结果。[17]换句话说，其含义指，当事人如果对仲裁机构的管辖权有争议，首先是由仲裁机构而不是国家法院决定自己是否享有管辖权，以及当事人是否受仲裁协议的约束。在体育仲裁中，该原则仍然适用，即CAS可以裁决自己对某争议是否享有管辖权，以及当事人能否接受仲裁协议的约束。譬如在巴基斯坦棒球协会仲裁案中，[2]WADA和巴基斯坦棒球协会都明确承认CAS可以裁定自己是否对该争议享有管辖权，前者多次在其函件和请求书中声明承认CAS对先决问题的管辖权以及争议实体问题进行裁量的权利。
如果有关的体育组织章程或者条例没有规定CAS仲裁条款，那么CAS在裁量自己是否享有管辖权时，其应当考虑的只能是做出争议裁决的体育组织的章程或者条例规定。如果某体育协会预见到自己可能会作为当事人参与上诉到CAS的仲裁程序并且其裁决是其他当事人提出异议的对象，CAS在裁量自己是否享有管辖权时将会考虑该体育组织的条例规则。正是由于南美洲足联章程或者条例并没有对可以上诉到CAS的权利预先规定，而且几个俱乐部提出异议的对象正是该协会的裁决，CAS裁定自己没有管辖权。[18]
另外，虽然有关的体育组织章程规定了CAS仲裁条款，但是另一方当事人还没有得到有关体育协会的正式承认，它们之间的争议应当由CAS自裁是否享有管辖权。在肯尼亚足球协会（KFF）仲裁案中，[19]申请人认为根据国际足联章程第62条规定以及其他相关规则，CAS有权处理国际足联和其会员（自己）之间的争议；而国际足联认为根据该条CAS无管辖权，因为KFF不是自己承认的会员。CAS认为该争议涉及的当事人是国际足联和一个自称是其会员的KFF，主要的问题就是能否承认KFF为国际足联会员。可以认为KFF是国际足联章程第62条意义上的会员，因此CAS有管辖权。
