《证据规定》将鉴定规定为需要根据当事人申请法院才能进行，主要是考虑鉴定费用的承担问题，担心法院依职权决定鉴定当事人不愿意缴纳鉴定费。但是否需要鉴定以及做出鉴定的决定与缴纳鉴定费用是两个不同性质的问题，当法官认为需要鉴定时，完全可以依职权做出鉴定的决定而不必等待当事人的申请，在做出鉴定的决定后，再通知当事人，告知当事人预交鉴定费用。所以，对鉴定和勘验的启动，采取双轨制是合理的和必要的，它们既可以根据当事人的申请开始，也可以由法院依职权决定进行。
在审判实务中，一些法官并未严格遵循《证据规定》，他们在认为审理案件需要时，尽管当事人并未申请鉴定，但还是做出了进行鉴定的决定。例如，在湖北午时药业股份有限公司与澳诺（中国）制药有限公司、王军社侵犯发明专利权纠纷案中，一审法院为了查明系争的技术性问题，依职权委托专业机构进行了技术鉴定；[6]在翁立克诉上海浦东伊维燃油喷射有限公司、上海柴油机股份有限公司职务发明设计人报酬纠纷案中，上海市第一中级人民法院依法委托上海市科技咨询服务中心对涉案的技术问题进行了鉴定。[7]
（二）当事人举证不足时可以依职权调查证据
当事人在诉讼中举证不足有两种情形。一种是对争议事实原告和被告都向法院提供了证据，但双方提供的都是间接证据，既不足以证明原告主张的对其有利的事实存在，也不足以证明被告否认该事实存在的主张或者不足以证明被告主张的不同于原告的另外一种事实。从证据的较量看，双方的证据不相上下，势均力敌，法院很难根据现有的证据对事实的真伪做出判断，这是举证不足的典型表现。另一种情形是双方当事人对案件的基本事实陈述各异，截然相反，但双方对自己主张的事实均不能向法院提供证据，虽然我国民事诉讼法把当事人的陈述作为证据之一，但由于当事人同本案有直接利害关系，法院并不能仅根据当事人对自己有利的陈述做出有利于他的事实认定，所以这类案件，实际上是双方当事人并未向法院提供证据。
在遇到上述情形时，法院当然可以根据证明责任的承担来做出判决，判决对事实负证明责任的一方当事人承担不利的诉讼后果。但问题在于，如果还存在着通过法院的调查进一步获得证据的可能性，法院能否依职权进行调查?以往的司法解释不但未限制法院调查的权力，而且将其明确规定为应当调查收集证据的情形之一。《证据规定》取消了法院依职权调查的权力，按照新的规定，法院只能直接按照证明责任作判决，而不必甚至不能再进行调查。
《证据规定》取消这种情形下法院依职权调查收集证据的权力，目的在于强化当事人的举证责任，改变法院职权调查过多、过泛的状况，形成当事人举证，法院审查判断证据的新格局。对于此项规定，《证据规定》颁布之初曾被给予很高的评价，“从这个角度说，本司法解释对法院职权调查范围明确化、特定化，这在我国民事诉讼史上堪称首次，其意义无论怎样赞誉评价都不为过。”[8]客观地说，《证据规定》限定法院依职权调查收集证据在当时是有一定的合理性和必要性的，它有助于改变一些当事人和律师过于依赖法院职权调查的做法，对厘清当事人与法院在证据收集问题上各自的职责有着积极的意义。
但是，严格限定法院依职权调查收集证据引发了新的问题，以往那些通过法院的职权调查能够查明争议事实的案件，而现在由于司法解释不再允许法院采取职权调查行为，无论是判决还是调解就只能在事实不清的情况下进行。虽然法院在事实不清的情况下也可以借助举证责任作判决，但无论如何，这毕竟是远离“在真相的基础上实现实体法”这一民事诉讼制度的目的。[9]尤其是，在法官有能力、有条件通过自己的调查取证行为查明案件事实的情况下，却放弃了发现真实的努力，这很难说是一种合理的制度安排。
