法院收集证据，以是否根据当事人的申请为标准，可分为依申请而收集和依职权而收集。在依申请收集中，收集的主体虽然是法院，但收集程序的启动是建立在当事人提出申请的前提上的，是为了解决当事人、诉讼代理人收集证据所遇到的困难，这样收集证据的行为，虽然也是运用法院职权进行的，但并非法院依职权主动收集证据。依职权收集，是专指法院在未收到当事人的申请的情况下，主动地去收集证据。
法院依职权收集证据，既包括向诉讼外的公民、法人和其他组织调查收集，又包括向案件的当事人收集。在多数情况下，法院的职权调查表现为向案外人收集证据，如要求保管与争议事实相关的文件和材料的机关或单位提供该书证，走访知道案件事实情况但又由于这样或那样的原因未出庭的证人。但是，也不排除法院依职权向诉讼当事人收集证据，如要求当事人提供其占有的书证或是对当事人进行询问。此外，依职权决定鉴定、勘验，也是法院依职权收集证据的方式。
如果我们对法院依申请和依职权收集证据的行为进行比较，就可以发现两者之间存在着以下的区别：
第一，性质不同。依申请收集在性质上属于法院保障当事人实现其诉讼权利的行为。在依申请收集中，法院实际上是在为收集证据时遇到自身无法克服的障碍的当事人提供帮助。收集证据是民事诉讼当事人依法享有的一项重要的诉讼权利，法院在民事诉讼中负有保障当事人诉讼权利实现的职责，依照申请启动调查收集证据的程序，是法院运用其审判权来帮助当事人实现其诉讼权利的方式。而法院依职权收集证据，则是为了履行其查明案件事实的审判职责，并不是在帮助某一方当事人收集证据，尽管就收集到的证据来说，客观上可能会有利于一方而不利于另一方，但就法院收集证据的目的来说，并不是刻意要为一方当事人提供帮助。并且，在很多时候，法院在收集证据之初，该证据究竟会对哪一方当事人有利，也是难以确定的。在有些情况下，法院依职权收集的证据可能对双方当事人都不利，例如，在怀疑原、被告试图通过虚假诉讼来骗取法院的判决书或调解书时，法院所进行的收集证据的活动。
第二，程序的启动不同。依申请收集证据，以当事人或诉讼代理人提出申请为必要条件，属于依申请收集范围的证据，在申请提出前，法院不必主动收集。申请提出后，法院还要依法对申请书进行审查，符合条件的才会去收集，如果申请收集的证据属于当事人自己应当收集的范围，为了防止当事人把收集证据的责任转移到法院，法院会拒绝当事人的申请。而依职权收集证据，则与当事人是否申请无关，而由法院根据审理案件的需要主动为之，法院可以根据案件的具体情形做出是否进行职权收集的判断。
第三，证据的类别不同。对依申请收集的证据，法律规定的条件是当事人、诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据；对依职权收集的证据，法律设定的条件是法院审理案件时认为需要收集的证据。考虑到在民事诉讼中，收集证据主要是当事人的责任，同时也是为了尽可能界定清楚当事人收集证据责任的范围与法院依职权收集证据的范围，防止当事人把本应当由自己收集的证据推给法院，最高法院在司法解释中对依申请和依职权收集证据的范围都做了细化，前者为属于国家有关部门保存并须由人民法院依职权调取的档案材料，涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私的材料，其他因客观原因不能自行收集的材料；后者为涉及可能有损国家利益、社会公共利益或者他人合法权益的事实，涉及依职权追加当事人、中止诉讼、终结诉讼、回避等与实体争议无关的程序事项。
