我们认为，认清行政机关的性质是区分行政权和司法权的关键。“司法判决是依法做出的，行政决定是依行政政策做出的。法院尽力从法律规则和原则中找出正确的答案。行政官尽力根据公共利益找出最有力、最理想的答案。法官和行政官的思维方式是完全不同的，法官的方法是客观的，遵守着他的法律理念；行政官的方法是经验式的，是权宜之计。”[3] （P50-51）行政权与司法权考虑问题的出发点并不一致，司法权所依据的是既成的法律制度和法律原则，而行政权所依据的不仅仅是法律、法规，还包括行政政策。行政政策更多的在于经验，由于它解决的多是生活中偶然出现的事情，因此行政官的活动多表现为自由裁量，并不直接涉及合法与否的问题。但在行政机关的行为引起争议时，就必须由法律出面加以衡平了。因为现代文明社会，必然是法治社会。
纯粹就行政许可来说，当然是行政机关自己的事，司法机关是无权涉入的。问题是当行政机关的行为影响到社会个人的利益而引起争议时，就不再是纯粹行政机关的事了。一切社会主体的活动都必须在法律之下才是有效的活动，行政机关当然也概莫能外。法院是国家的司法机关，负有对所有社会主体的活动进行司法性审查的义务。法院内部的各种庭的划分并不是一种有法律固定意义的定在，它只不过是为了解决现实生活中存在的问题，为人们解决争议提供方便而已。正如一学者指出的：“无论是民事诉讼程序还是行政诉讼程序都是由法院作为一个整体主持进行的，各个职能庭无独立对外的资格；法官接受人大的任命也无民事审判庭法官和行政审判庭法官之分。”[5] （P77）对有关经行政许可的民事争议的解决，人民法院应该有权对行政机关的行政许可进行合法性审查，是由民庭审查还是由行政庭审查那只不过是个形式问题，因为其实质都是由法院代表国家行使审判权。在英国，“最近的改革搬掉了在程序上阻碍便利地综合使用这两种救济的障碍物。现在，这两种救济更可灵活运用。”[3] （P39）我国的许多学者尽管在分析问题的角度、理由等方面有所不同，但对民事诉讼审查具体行政行为的合法性还是持肯定态度的。法院对行政许可进行合法性审查，只是解决该类案件的第一步。接下来的问题是，随着审查结果的不同，该类案件应该如何进一步解决。具体而言，如果行政许可合法，即按单纯的民事案件审理即可；那么，如果违法，法院对该类案件应如何审理呢?正如上文所指出的，为了减少法院的工作量，便于受害人提起诉讼和减少讼累，应该在一次诉讼中解决该类案件的全部争议。也就是通过民事诉讼和行政诉讼的合并审理的模式来解决该类争议，只不过其中主要适用的是民事诉讼程序。如薛刚凌指出的：“如果行政、民事争议重合案件在本质上属于民事争议案件，则应主要适用民事诉讼程序。”[6] （P60）我们之所以用两种性质不同的诉讼合并审理来解决该类争议，是因为在坚持现有民事诉讼和行政诉讼相互独立存在事实的前提下，通过其中之一无法解决该类争议，其难点在于无法解决特定当事人的诉讼地位。
