各法院法官统一由全国人大常委会任命，由其免职。但免职要避免任意性。对法官的免职要严格依法进行，只有当法官具有法定的应当被免职的情形时，才能由全国人大常委会按照特定的法官免职程序进行。在这一过程中，要给予被免职法官以被控罪行知情权、陈述权、申诉权。对于被免职法官的陈述与申辩，委员会要认真倾听，依法定程序作出表决。
基于我国法官数量庞大的事实（截至2007年，我国法官人数为24万） [5] （P196），从可行性方面考虑，可以由全国人大常委会授权省一级人大常委会代为行使职权，任命初审法院法官（现基层法院、中级法院法官），报全国人大常委会备案。但对于法官的免职，法官可以向全国人大常委会申诉。上诉法院法官（现高级法院法官），则必须由全国人大常委会直接任命和免职。
第三，各法院财政由全国人大常委会作出预算，由中央财政统一列支
在现行法院体制之下，各级法院的财政大权操控在同级政府手中，从法官的薪金待遇到法院的办案经费，从法院的办公场所到办公设施，无不受制于同级政府。任何机关都无法在无物质基础的前提下履行职责，如果不割裂这种财政上的联系，各级法院将永远受制于地方政府，法院独立审判只不过是一句空话而已。
各法院财政由全国人大每年作出预算，由中央财政列支，可以有效地割裂各法院与同级政府在物质上的联系，保障各法院的独立地位。具体做法可以考虑采取如下措施：其一，每年全国人大常委会对各法院作出预算，对该预算的议案，中央财政必须执行。在对各法院财政开支进行预算时，可以根据我国地域广大，各地区发展不平衡的特点，区别不同情况，做出不同的预算。以防止因地区的差异，而导致各法院经费及法官待遇上的不平等。其二，中央财政按预算案列支。中央财政的收入主要来源于税收，对于列支给各法院的预算经费，可以通过考虑在各地区调整税收政策的办法，防止中央财政负担过重。
第四，保留各高级法院作为上诉法院，将现各中级法院、基层法院作为一审法院，以区分初审和上诉审由现法院系统内的中级法院与基层法院作为初审法院，在案件受理方面，可以暂时保留关于中级法院、基层法院管辖的规定，但中级法院受理的案件，也作为初审案件，以提高案件的审级。高级法院成为纯粹的上诉法院，不再受理一审案件。
上述法院组织的改革方式不从根本上破坏现行法院体制，既避免了因改革成本过高而缺乏可操作性的难题，又可以将法院的司法管辖区域与行政管辖区域相分离，切实可行。
