第二种思路存在着如下弊端：无法解决司法管辖区域与行政管辖区域相重合的重大问题。设置大区法院的思路为很多人所提及，但大区法院的设置，其法律地位如何?设置了大区法院，只不过是在高级法院之上加一个审判机关而已，不可能从根本上解决司法与行政管辖区域相重合的难题。我认为，要解决司法与行政管辖区域的重合问题，实现法院地位的独立，可以考虑采取如下可行的具体措施：
第一，各法院独立
在基本上不改变现行法院组织框架的前提下，明确各法院的独立地位。确立法院独立理念，在立法中取消“各级法院”的说法。我国的法律之中对各个法院的最常用的称呼是“各级法院”，“上级法院和下级法院”，这种称呼的背后隐藏着这样的一种理念：法院之间是存在上下级关系的，上级法院领导下级法院，这是一种典型的行政思维方式。为实现审判独立，必须将这种理念转变为各法院自身的独立。各法院独立，不仅是指各法院相对于法院系统外的立法、行政机关等的独立，当然也包括法院系统内部，各法院相互之间的独立。因为法院的本质是对案件的裁判权，没有具体的诉，没有具体的案件，法院就没有存在的必要。各法院都是在各自的管辖权内，对案件行使裁判权，并且在各法院行使裁判权的过程中，既不应当受到立法、行政机关及其他团体和个人的干涉，也不应当受到其他法院的干涉。
上诉法院对初审法院的意义在于且仅在于，如果当事人不服初审法院的判决向上诉法院提出上诉，那么上诉法院就可以对该案件行使法定的上诉案件管辖权，对上诉案件作出或维持或改判或发回重审的判决，以维护初审法院的判决权威，纠正初审判决的错误。除此之外，上诉法院对初审法院就不应当再享有任何权力，更不存在领导与被领导、监督与被监督的关系。现实中上级法院年终按照行政指标对下级法院的各项工作进行检查，作出或奖励或批评的做法是与司法的本质根本不相容的，是一种典型的行政手段，必须坚决予以废除。
第二，各法院的法官全部由全国人大常委会任命
这种做法有如下益处：其一，确保法院免于同级人大、政府等机关的干涉，保证各法院独立审判。现行司法与行政管辖区域相重合的最大弊端在于，各法院的人事权力掌握在同级人大、党委组织部门手中。正是因为同级政权组织机构掌握了各法院的人事任免权，才对各法院的审判活动形成多方面的不相关影响。在不改变现行司法管辖区域的前提下，各法院的法官由全国人大常委会统一任免，从根本上解决了司法管辖区域与行政管辖区域相重合的弊端，能够实现各法院地位的独立，保障各法院独立审判权的行使。其二，摆脱各法院的地方性，使各法院成为真正独立于地方的司法机关。正是因为各法院在人事、财政等方面受制于“地方”，才使各法院成为名副其实的“地方法院”。在各法院受理本地方的当事人与外地当事人的诉讼时，本地区的各类人员才理直气壮地向法院施压，最后形成司法中的“地方保护”壁垒。各法院法官由全国人大常委会统一任命，割裂各法院与地方的联系，可以避免各法院在审判活动中受到地方各级机关及团体的高压，实现司法公正。其三，免于上级法院的干涉，实现法院系统内部的独立。近些年来各地法院在任命下级法院院长时，存在着这样一种带有普遍性的做法：下级法院院长的人选由上级法院向下级法院的同级人大和党委推荐，再由人大履行法律程序，任命下级法院院长。这说明，在一定程度上，上级法院掌握了对下级法院院长的任命权，结果使上下级法院之间的行政关系加强，加深了上下级法院之间关系的行政化。
