关于重新划分司法管辖区域的主张，我国很多学者意识到了这一问题，认为地方法院司法区域与行政区域的重合，是滋生地方保护主义的制度性根源，因此，改革现行司法体制的关键是打破现行法院体系，对各级法院进行重新设置，并且提出了具体的思路。（注：参见沈德咏：《为中国司法制度改革问诊切脉》，《中国律师》1997年第7期；蔡定剑：《历史与变革》，中国政法大学出版社1998年第1版，第396-397页；常克义：《也说司法体制改革》，《中国律师》1997年第7期。）一种思路主张，法院机构的改革应打破现有框架的基础上，按照司法独立的要求重新进行设计。其设计方案如下：最高法院在全国设若干分院，在其辖区内代行最高法院职权，受理部分高级法院的上诉案件。全国划分十个左右的大司法区，每个大司法区设一个高级法院，高级法院在本辖区的较大城市设若干分院；高级法院及其分院作为普通案件的上诉法院行使职权。高级法院辖区内划分小司法区，设中级法院；中级法院视需要设若干派出机构；中级法院及其派出机构作为一般案件的初审法院。将基层法院改造为简易法院（但附设普通庭），主要受理简易、小额案件；大幅度削减城市基层法院数量，农村基层法院基本上仍以县为单位；取消城市的人民法庭，合并、整顿农村的人民法庭。[3] （P66）另一种思路主张，考虑到法院的重新设置是一项繁重而艰巨的任务，不可能在短期内完成，有关方面应当设计一个较长的规划予以通盘考虑。作为过渡性安排，可先在几个大区设置若干个最高法院的派出机构（这类机构类似于美国的巡回法院，在设计上可借鉴其做法）。这种机构的设置，首先可将许多民事经济案件的审级提高，比如在中级人民法院审理的，可提高至高级人民法院审理；而二审审理可提高到最高人民法院的派出法院审理。其次则可提高诸如死刑程序的级别。当然，从长远看，最好的办法还应是设立法院系统自上而下的垂直领导。[4] （P8）
上述两种主张重新划分司法管辖区域，改变使其与行政管辖区域相重合的观点，认识到了重新划分司法管辖区域的重要性及必要性，但其思路明显缺乏可行性。
第一种思路存在如下弊端：第一，设置机构过于复杂，缺乏可操作性。将法院设置为最高法院、最高法院分院、高级法院、高级法院分院、中级法院、中级法院派出机构、简易法院（还附带普通程序）、县一级基层法院。如果按其所设想，这一法院系统的复杂程度将远高于现行法院体系，案件管辖问题将变得异常复杂，明显缺乏可操作性；第二，各法院之间的职权混乱，无法行使管辖权。按第一种思路所设置的法院系统，存在职权混乱的问题：最高法院分院已经代行了最高法院的职权，最高法院的职权是什么?最高法院分院审理高级法院的上诉案件，一审定在哪一级法院?市法院、市法院的分院的职权是什么?基层法院行使什么样的审判权?第三，审级不清。我们现行法律规定了二审终审制的审判制度，如果按照第一种思路重构法院体制，是二审终审、三审终审，还是多审终审?存不存在终审?
