根据有限责任公司形态的多样性和契约自由原则，借鉴其他国家和地区的公司治理模式，我国《公司法》可以设定多种公司治理结构模式以供投资者进行选择，包括股东亲自管理公司的模式、不设董事会模式、不设监事会模式等等。如果公司股东自愿选择或者章程规定了更为严格的股份公司或开放公司治理模式，诸如一元制的美国独立董事模式或英国的独立审计模式、二元制的德国的股东会——监事会——管理委员会（董事会）模式或者日本与我国现行的股东会之下的董事会和监事会并列的模式等，亦应允许，从而充分体现任意性法律规范的指导性和指引性特征。同时，公司治理模式又可以随公司的实际需求依据公司章程的变更而转换。
第二，结合有限责任公司的人合性的特点，科学设计有限责任公司治理结构。基于前述有限责任公司人合性特征，在有限责任公司内部治理机构的设置及其责权配置上，应当坚持“股东（会）中心主义”的思想，以“资本多数决原则与少数股东权保护”和“股东权的行使”作为设计有限责任公司治理结构的中心，合理界定股东之间的关系以及股东与公司之间的关系。
关于股东与股东之间的关系，公司法应当妥善处理“资本多数决原则与少数股东权保护”之间的关系。首先，应当坚持“资本多数决”原则，保护公司决策机制的有效运转和公司经营的顺利进行。其次，要重视公平，以《公司法》第20条和第21条所规定的控股股东诚信义务为强制性规则，加强对小股东权益的保护，尤其是应当完善有限责任公司股东的退出机制，包括股权转让制度、异议股东股份回购请求权、除名制度等。除上述股东关系之外，股东之间的其他权利义务关系均可采契约自由的原则，由股东在公司章程中自由协商确定，包括出资瑕疵责任、股权转让、股权继承等。
关于股东与公司之间的关系，公司法应明确股东会和董事会决议的无效和撤销、股东身份诉讼、利润分配请求权、知情权、公司僵局诉讼、异议股东股份收购请求权等。从本质上看，在有限责任公司形态中，股东与公司之间的关系，实质上也是股东之间的关系；股东与公司的各种纠纷和矛盾，也是股东之间的纠纷和矛盾。
平衡股东之间以及股东与公司之间的利益关系，应当在公司自治的基础上，注重引导投资者（股东）对于公司章程内容的设计，应当允许公司章程对股东请求权予以全面规定，包括利润分配请求权、临时股东会议召集请求权、知情权、股份回购请求权、大股东回避表决的请求权等，通过章程形成股东间完善的权益分配的制度安排。在章程和法律不被遵守的情况下，《公司法》则应当构建以“股东请求权”为核心、以股东直接诉讼和股东派生诉讼为平台的纠纷解决机制，赋予股东相应的诉权，完善对股东权益的保护机制，以实现投资者（股东)的利益平衡。
