在有限责任公司董事会的设置上，《公司法》不应当先验性地规定有限责任公司必须在形式上设置“董事会”或者执行董事这样的公司内部治理机构，并配置董事会的职责。事实上，在有限责任公司中，不论是否设置董事会，也不论如何配置董事会的具体职责，其作用仍然服务于协调、处理股东与股东之间以及股东与公司之间的关系。[16]实践中，大多数有限责任公司的股东与董事会的成员是重合的，只不过为了遵从《公司法》的强制性规定而设置了不同于股东会的所谓“董事会”或执行董事。
公司监督权的行使也不必过分强调是否在形式上设置“监事会”或者监事这样的机构。在实践中，有限责任公司监事会的监督作用是有限的，其作用的大小完全取决于股东会或大股东的意志，因而，在有限责任公司治理问题上，是否设置监事会应当由公司自主决定。如果设置监事会，那么，监事会的职责范围、监督对象和监督内容、监督程序等问题都应当是可以自由选择的。我国台湾地区“公司法”关于有限责任公司中须在股东中指定执行公司事务的董事职务，不执行业务之股东，均得行使监察权之规定，可资借鉴。
有限责任公司相关法律规则应当是一种开放式的(open-ended)标准合同，以指引性和指导性规则和制度引导股东就公司事务进行充分的协商，给当事人的意思自治留存足够的空间，在股东未能协商或者未能达成一致时对股东的协议进行补充，而不能以强制性规则替代当事人的协商。但就我国《公司法》对于有限责任公司治理结构的有关规则而言，我国《公司法》对于有限责任公司的干预程度超出了合理的范围，对许多本应由公司参与者协商解决的事务进行了强制性的干预，破坏了有限责任公司本应具有的灵活、便捷的特性。在具体的公司法实践中，受到《公司法》规则僵化、任意性和指引性不足的影响，一些地方的企业登记管理部门在投资者（股东）登记设立有限责任公司时强制提供一些“标准”的章程，这些标准化的章程条款，均是照搬公司法的条文，并非股东协商一致的关于其权利义务的条款。更有甚者，如投资者事先拟定了不同于公司法明文规定的章程，则被登记管理机关要求更正，否则可能无法登记注册。这种僵化的规定不仅加大了公司治理成本，也导致公司法在促进中小企业发展方面作用受到了限制。
