特殊侦查措施的立法化，只是落实强制侦查法定原则的第一步，更为重要的其实是第二步，即在后续的具体程序立法中贯彻控制、防范特殊侦查措施滥用的三大“黄金法则（对象特定原则、必要性原则、司法审查原则）”。然而，遗憾的是，此次《刑事诉讼法修正案（草案）》仅仅完成了第一步，第二步要求并未得到完全的落实和遵守，立法机关有必要考虑再以单行法的方式对其程序予以规范。
五十七、将第一百二十八条改为第一百五十七条，第一款修改为：“在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，经上一级侦查机关批准，依照本法第一百五十三条的规定重新计算侦查羁押期限。”
【释评】本条修改之处在于将重新计算侦查羁押期限的审批权交由上一级侦查机关行使。然而，重新计算侦查羁押期限在法律后果上，尤其对于犯罪嫌疑人而言，就是羁押期限的延长。在我国，延长羁押期限须经人民检察院批准，那么，重新计算侦查羁押期限似也应由人民检察院批准更为妥当。
五十八、增加一条，作为第一百五十八条：“侦查机关在案件侦查终结前，可以听取辩护律师的意见，并在案卷中注明。辩护律师提出书面意见的，应当附卷。”
【释评】问题在于，辩护律师在侦查阶段并不享有阅卷权，在辩护律师没有阅卷权的情况下，又怎能期望他对案件处理提出真正有价值的意见？
五十九、将第一百三十三条改为第一百六十三条，修改为：“人民检察院对直接受理的案件中被拘留的人，应当在拘留后的二十四小时以内进行讯问。在发现不应当拘留的时候，必须立即释放，发给释放证明。”
【释评】参见三十七
六十、将第一百三十四条改为第一百六十四条，修改为：“人民检察院对直接受理的案件中被拘留的人，认为需要逮捕的，应当在十四日以内作出决定。在特殊情况下，决定逮捕的时间可以延长一日至三日。对不需要逮捕的，应当立即释放；对于需要继续侦查，并且符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或者监视居住。”
【释评】将自侦案件审查决定逮捕的期限由十日延长至十四日。同时，将在特殊情况下，决定逮捕的时间可以延长“一日至四日”修改为“一日至三日”，更符合我国刑事诉讼法关于期间设置的习惯。
六十一、将第一百三十九条改为第一百六十九条，修改为：“人民检察院审查案件，应当讯问犯罪嫌疑人，听取辩护人、被害人及其诉讼代理人的意见，并在案卷中注明。辩护人、被害人及其诉讼代理人提出书面意见的，应当附卷。”
【释评】增加了关于人民检察院审查案件应听取辩护人的意见的规定，并要求在案卷中注明，凸显出对辩护人作用的重视。
六十二、将第一百四十一条改为第一百七十一条，修改为：“人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。”
六十三、将第一百五十条改为第一百八十条，修改为：“人民法院对提起公诉的案件进行审查后，对于起诉书中有明确的指控犯罪事实并且附有证据的，应当决定开庭审判。”
【释评】本条修订在起诉制度上恢复到了一九九六年刑诉法修改前的起诉全案移送制度，之所以作此修改，是因为，一九九六刑诉法修正时借鉴“起诉书一本主义”而设立的“起诉复印件主义”在实践操作中效果不佳，既未能实现防止法官先入为主、排除预断的立法目的，还间接导致了律师阅卷难、法官庭审中阅卷或庭后阅卷的异象。因此，本次修法将“起诉复印件主义”改回到“起诉全案移送”制度。
六十四、将第一百五十一条改为第一百八十一条，修改为：“人民法院决定开庭审判后，应当确定合议庭的组成人员，将人民检察院的起诉书副本至迟在开庭十日以前送达被告人。对于被告人未委托辩护人的，告知被告人可以委托辩护人，或者依法通知法律援助机构指派律师为其提供辩护。
在开庭以前，审判人员可以召集公诉人、当事人和辩护人、诉讼代理人，对回避、出庭证人名单、非法证据排除等与审判相关的问题，了解情况，听取意见。
人民法院确定开庭日期后，应当在开庭三日以前将开庭的时间、地点通知人民检察院，传唤当事人，通知辩护人、诉讼代理人、证人、鉴定人和翻译人员。对于公开审判的案件，应当在开庭三日以前先期公布案由、被告人姓名、开庭时间和地点。
上述活动情形应当写入笔录，由审判人员和书记员签名。”
【释评】本条修改的亮点在第二款，即通过修改初步建立起庭前程序。庭前程序的主要功能包括排除非法证据、证据开示以及处理相关程序性问题（回避、证人如何出庭等等），通过这些措施厘清争点以实现庭审的高效率。
六十五、将第一百五十二条改为第一百八十二条，删去第二款。
【释评】删除原条文是因为未成年人诉讼程序已单独成章。
六十六、将第一百五十三条改为第一百八十三条，修改为：“人民法院审判公诉案件，人民检察院应当派员出席法庭支持公诉。”
【释评】删除了关于简易程序庭审时人民检察院可以不派员出席公诉，配套后文简易程序之改革。
六十七、增加一条，作为第一百八十六条：“证人证言对案件定罪量刑有重大影响，并且公诉人、当事人或者辩护人、诉讼代理人有异议的，或者人民法院认为证人有必要出庭作证的，证人应当出庭作证。
人民警察就其执行职务时目击的犯罪情况作为证人出庭作证，适用前款规定。
公诉人、当事人或者辩护人、诉讼代理人对鉴定意见有异议的，或者人民法院认为鉴定人有必要出庭的，鉴定人应当出庭作证。经人民法院通知，鉴定人拒不出庭作证的，鉴定意见不得作为定案的根据。”
【释评】本条修正在于确立重要证人出庭作证制度。在实务操作中应当注意理解和把握以下问题：
第一，本条文中所称的“证人”，应当是广义上的，既包括与案件无关的第三人、与案件有关的第三人（如告发人、检举人），也包括侦查人员，侦查人员的证词对定罪量刑有重大影响的（例如自首情节的认定），以及人民警察就其执行职务时目击的犯罪情况作证时，也应当适用本条规定出庭作证。
第二，本条规定“证人应当出庭作证”，“应当”一词表明，在特定情形下，通知证人出庭作证是庭审中人证调查的法定证据方法，只要符合本条文中规定的证人应当出庭的情形，人民法院即有义务通知证人出庭作证。这也意味着，检察机关、被告人及其辩护人，拥有了强制对方证人出庭作证的权利。当然，所谓强制证人出庭作证，并非由被告人及其辩护人直接对证人施加强制力，而是有权向人民法院提出申请，而只要符合条文规定的情形，人民法院即应当通知证人出庭作证。
第三，明确了证人应当出庭作证的两种情形：一是人民检察院、被告人及其辩护人对证人证言有异议，而该证人证言对定罪量刑有重大影响的。对此，实务操作中应当注意以下几点：
一是实体上该证人证言必须是对案件的定罪量刑有重大影响的。问题是，何谓“对案件定罪量刑有重大影响”？法条对此并无进一步的明确界定，而所谓“对定罪量刑有重大影响”，在语义内涵上高度不确定，几乎可以涵括所有证据，从宽泛的角度讲，所有在刑事诉讼程序中出示的证据，均与案件的定罪量刑有重大影响，否则，控辩双方何必提出该证据？可见，该表述在司法实务中可能会造成操作上的技术困难，最终证人是否出庭只能委诸法官的判断、裁量，而这又容易导致司法擅断。最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部和司法部联合发布的《关于办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》第5条规定：“办理死刑案件，对于以下事实的证明必须达到证据确实、充分:(一)被指控的犯罪事实的发生;(二)被告人实施了犯罪行为与被告人实施犯罪行为的时间、地点、手段、后果以及其他情节;(三)影响被告人定罪的身份情况;(四)被告人有刑事责任能力;(五)被告人的罪过;(六)是否共同犯罪及被告人在共同犯罪中的地位、作用;(七)对被告人从重处罚的事实。”上述待证事项无一例外都关涉案件的定罪量刑，可以作为解释所谓“对案件定罪量刑有重大影响”的依据，即凡是涉及上述待证事实的证人证言，皆可视为“对定罪量刑有重大影响”，而要求证人必须出庭作证。此外，某些重要的程序性事项，例如证据取得的合法性问题，因为关系到被告的定罪，也应当纳入“对定罪量刑有重大影响”的范畴，而要求相关证人包括侦查讯问人员出庭作证。
二是程序上人民检察院、被告人及其辩护人对该证人证言持有异议。这意味着，控辩双方对该证据的证据能力具有程序处分权，即，如果控辩双方对该证人证言的证据能力未明确表示异议，则书面证言（传闻证据）亦可使用。所谓“异议”，即质疑、疑问，既可以是对证人证言的合法性（证据能力）质疑，也可以是对其真实性（证明力）质疑；既可以是控方对辩方证人表示异议，也可以是辩方对控方证人表示异议；既可以书面方式提起，也可以口头方式提出；既可以在庭前提出，也可以在庭审质证时提出。但是，实务中必须明确的是，所谓“有异议”，必定要求是明示的，而不得是默示，如果在庭审中，检察机关、被告人及其辩护人虽然有异议，却未明示异议，而是保持沉默或拒绝表态，则应拟制其为无异议。
三是人民法院认为其他应当出庭作证的。这一情形主要是指，检察机关、被告人及其辩护人未对证人证言表示异议，但人民法院对证人证言的合法性和真实性有疑问，此时，人民法院也可以通知证人出庭作证。对于“人民法院认为其他应当出庭作证的”情形，是否也仅限于对本案定罪量刑有重大影响的证人证言，法条本身虽未明确，但在法解释上，应认为仍限于对本案定罪量刑有重大影响的证人证言。
上述两种情形，在理论上可能产生冲突，即控辩双方均未对证人证言表示异议，未申请通知证人出庭，但主持审判的人民法院认为应当通知该证人出庭，则程序上如何处理？在完全的当事人进行主义诉讼模式下，当事人对证据拥有处分权，完全以当事人的意见为准，然而我国刑事诉讼法虽在庭审阶段引进了部分对抗制因素，但却并未完全采行当事人进行主义，因此，当两者发生冲突时，人民法院拥有裁量权，可依职权决定是否通知该证人出庭。
六十八、增加一条，作为第一百八十七条：“经人民法院依法通知，证人应当出庭作证。证人没有正当理由不按人民法院通知出庭作证的，人民法院可以强制其到庭，但是被告人的配偶、父母、子女除外。
证人没有正当理由逃避出庭或者出庭后拒绝作证，情节严重的，经院长批准，处以十日以下的拘留。被处罚人对拘留决定不服的，可以向上一级人民法院申请复议。复议期间不停止执行。
鉴定人出庭作证，适用前两款的规定。”
【释评】本条修正是关于强制证人出庭作证以及近亲属拒绝作证制度的规定。
所谓的证人没有正当理由不按人民法院通知出庭作证的，人民法院可以强制其到庭，但具体应采用何种强制性措施确保证人到庭，立法并没有明确规定。从法理上讲，强制证人到庭的措施只能是拘传。但我国主流刑事诉讼理论一贯主张拘传等强制措施只能适用于犯罪嫌疑人、被告人，对此，学界观点应予以修正。
本条第二款规定了证人没有正当理由逃避出庭或者出庭后拒绝作证，情节严重的，经院长批准，处以十日以下的拘留。该规定过于直接、严厉，不符合比例原则。一般情况下，证人没有正当理由逃避出庭或者出庭后拒绝作证，可以考虑先对证人处以罚款，证人仍不作证的方可决定拘留。
同时，本条第三款规定鉴定人也适用证人处罚规定不适当。从法理上讲，证人具有不可代替性，因而必须强制其出庭，而鉴定人的地位和性质与证人不同，并非不可代替，因此没有必要强制其出庭。
近亲属拒绝作证的主体范围也过窄，仅限于配偶、父母、子女，既然本条立法目的在于尊重和维护“亲亲相隐不为罪”的文化传统以及家庭成员之间的人伦亲情，至少应将拒绝作证的主体范围扩及被告人之兄弟姐妹。本条立法上最大的问题还在于，仅规定被告人的配偶、父母、子女在审判阶段享有出庭作证的豁免权，从而留下一个“盲点”，即在侦查阶段，侦查机关可否要求其接受询问？从域外立法例来看，近亲属既然享有作证豁免，当然就有权在侦查阶段拒绝侦查机关的询问，如此方才可以称为“拒绝作证权或作证豁免权”。为避免实践中出现争议，建议将“但是被告人的配偶、父母、子女除外”这一但书规定，移至第五十九条第一款，即“凡是知道案件情况的人，都有作证的义务。但是犯罪嫌疑人、被告人的配偶、父母、子女、兄弟姐妹除外”。
