十八、增加一条，作为第五十四条：“人民检察院接到报案、控告、举报或者发现侦查人员以非法方法收集证据的，应当进行调查核实。对于确有以非法方法收集证据情形的，应当提出纠正意见，必要时可以建议侦查机关更换办案人。对于以非法方法收集证据，构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
【释评】增订本条的目的在于，基于检察机关的法律监督地位而赋予其调查、核实、排除非法证据的职责。需要注意的是，本条规定检察机关“必要时可以建议侦查机关更换办案人”，但何谓“必要时”？语焉不详。从法理上讲，对于确有以非法方法收集证据的，在排除该非法证据后若需要重新取证的，原则上都应当建议侦查机关更换办案人。
十九、增加一条，作为第五十五条：“法庭审理过程中，审判人员认为可能存在本法第五十三条规定的以非法方法收集证据的情形的，应当对证据收集的合法性进行法庭调查。
【释评】增订本条之目的在于明确规定审判阶段启动非法证据调查程序的两种方式：一是审判人员依职权调查，即审判人员认为可能存在本法第五十三条规定的以非法方法收集证据的情形的，应当主动启动程序对证据收集的合法性进行调查；二是依申请而为调查，即辩护人在开庭审理前或者庭审中，提出被告人审判前供述是非法取得的，法庭在公诉人宣读起诉书之后，应当先行当庭调查。之所以应对非法证据实行优先调查原则，是因为，一旦非法取证的事实得到查明，非法证据被排除后，控方若无充足证据证明被告有罪，法官即可直接作出无罪判决终结诉讼，避免庭审无谓进行并减少讼累。因此，建议本条第一款修改为“法庭审理过程中，审判人员认为可能存在本法第五十三条规定的以非法方法收集证据的情形的，应当对证据收集的合法性先行当庭调查。
同时，本条还赋予了当事人及其辩护人、诉讼代理人以“争点形成责任”。基于在刑讯逼供等非法取证案件中被告方举证的困难性，被告抗辩时无需承担举证责任，仅需透过陈述意见、提供线索等方式，使之形成有效“争点”即可，此可称之为“争点形成责任”，以区别于检察官的举证责任。
二十、增加一条，作为第五十六条：“在对证据收集的合法性进行法庭调查的过程中，由人民检察院对证据收集的合法性加以证明。
人民法院可以通知有关侦查人员或者其他人员出庭说明情况。经依法通知，侦查人员或者其他人员应当出庭。有关侦查人员或者其他人员可以要求出庭说明情况。”
【释评】本条明确了对于非法证据排除实行举证责任倒置，即被告方仅需提出抗辩、尽到“争点形成责任”，而由检察机关承担证明证据收集合法的举证责任。为此，同步建立起侦查人员或者其他人员出庭作证制度。
二十一、增加一条，作为第五十七条：“对于经过法庭审理，确认属于以非法方法收集证据的，或者存在重大疑点，不能排除以非法方法收集证据可能性的，对有关证据应当依照本法第五十三条的规定处理。”
【释评】本条是对非法证据排除程序证明标准的规定，即检察机关不仅要承担证明证据收集合法的举证责任，且应当证明至“证据确实、充分，事实清楚，能够排除合理怀疑”的程度。本条所谓“存在重大疑点，不能排除以非法方法收集证据可能性的”，意指承担举证责任的检察机关未能举证达到“排除合理怀疑”的证明标准，此时，将根据“疑点归于被告”的原则，认定为非法证据，予以排除。
二十二、将第四十七条改为第五十八条，修改为：“证人证言必须在法庭上经过公诉人、被害人和被告人、辩护人双方质证并且查实以后，才能作为定案的根据。法庭查明证人有意作伪证或者隐匿罪证的时候，应当依法处理。”
【释评】本条修正主要对原条文作了语词上的修改，删除了原第四十七条中的“讯问”等字眼，因为，对证人显然不应用“讯问”。但是，对本条的修改，最佳方案其实并非删除“讯问”，而是将“讯问”改为“询问”，因为，明确证人证言必须经“询问”才能作为定案根据，意味着证人证言必须出庭作证，其证言经言词审理后方能作为定案根据，而如果仅仅是简单地删除“讯问”，则意味着证人证言笔录（审前制作的询问笔录）可以经书面质证而使用，这在立法精神和内容上与本法后文强调的证人出庭作证制度存在一定的矛盾。
二十三、增加一条，作为第六十一条：“对于危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪、黑社会性质的组织犯罪、毒品犯罪等案件，证人、被害人因在诉讼中作证，本人或者其近亲属的人身安全面临危险的，人民法院、人民检察院和公安机关应当采取以下一项或者多项保护措施：
(一)不公开真实姓名、住址和工作单位等个人信息；
(二)采取不暴露外貌、真实声音等出庭作证措施；
(三)禁止特定的人员接触证人、被害人及其近亲属；
(四)对人身和住宅采取专门性保护措施；
(五)其他必要的保护措施。
证人、被害人认为因在诉讼中作证，本人或者其近亲属的人身安全面临危险的，可以向司法机关提出予以保护的申请。”
【释评】本条修订确立了证人（包括被害人）及其近亲属保护制度。需要注意的是，这里的“近亲属”一词，不应以《刑事诉讼法》原第82条第六项规定的“近亲属”为限，原则上证人认为与其关系密切之人、其人身安全面临危险确实需要保护的，都可以提出保护申请，例如，证人、被害人之女友。因此，本条所谓“近亲属”似修改为“亲友”为宜。
二十四、增加一条，作为第六十二条：“证人因履行作证义务而支出的交通、住宿、就餐等费用及误工损失，应当给予补助。对证人作证的补助，列入司法机关业务经费，由同级政府财政予以保障。
“有工作单位的证人作证，所在单位不得克扣或者变相克扣其工资、奖金及其他福利待遇。”
【释评】本条确立了证人作证补偿（助）制度。
二十五、将第五十一条改为第六十四条，修改为：“人民法院、人民检察院和公安机关对于有下列情形之一的犯罪嫌疑人、被告人，可以取保候审：
(一)可能判处管制、拘役或者独立适用附加刑的；
(二)可能判处有期徒刑以上刑罚，采取取保候审不致发生社会危险性的；
(三)羁押期限届满，案件尚未办结，需要采取取保候审措施的。
取保候审由公安机关执行。”
【释评】本条修正之处主要在于增加了“羁押期限届满，案件尚未办结，需要采取取保候审措施的”可以取保候审的规定，本意在于防止超期羁押以及不必要的羁押，但是，实践中普遍存在着检察机关、侦查机关“打擦边球”，利用退回补充侦查、改变管辖“借时间”的情况，换言之，羁押期间届满，案件尚未办结的，检察机关完全可能以退回补充侦查或改变管辖为由，继续对犯罪嫌疑人进行羁押，因此，这一条款的有效性可能在实践中被架空。
二十六、将第五十二条改为第六十五条，修改为：“被羁押的犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属、辩护人有权申请变更强制措施。人民法院、人民检察院和公安机关收到申请后，应当在三日以内作出决定；不同意变更强制措施的，应当告知申请人，并说明不同意的理由。”
【释评】本条修改一是扩大了有权申请变更强制措施的主体范围，增列辩护人为申请权主体之一；二是增加了关于人民法院、人民检察院和公安机关审查、决定变更强制措施的期限、程序等规定，使得该程序具有了程序上的可操作性。但是，本条仅规定“不同意变更强制措施的，应当告知申请人，并说明不同意的理由”，而未明确是否应当采取书面形式告知。为慎重起见，也为了便于权利人在申请未获批准时进行权利救济，应当以书面形式告知为宜，为此，建议将本条修改为“不同意变更强制措施的，应当书面告知申请人，并载明不同意的理由”。
二十七、将第五十五条改为第六十八条，修改为：“保证人应当履行以下义务：
(一)监督被保证人遵守本法第六十九条的规定；
(二)发现被保证人可能发生或者已经发生违反本法第六十九条规定的行为的，应当及时向执行机关报告。
被保证人有违反本法第六十九条规定的行为，保证人未履行保证义务的，对保证人处以罚款，构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
二十八、将第五十六条改为三条，作为第六十九条、第七十条、第七十一条，修改为：
“第六十九条被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人应当遵守以下规定：
(一)未经执行机关批准不得离开所居住的市、县；
(二)住址、工作单位和联系方式发生变动的，在二十四小时以前向执行机关报告；
(三)在传讯的时候及时到案；
(四)不得以任何形式干扰证人作证；
(五)不得毁灭、伪造证据或者串供。
人民法院、人民检察院和公安机关可以根据案件情况，责令被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人遵守以下一项或者多项规定：
(一)不得进入特定的场所；
(二)不得与特定的人员会见或者通信；
(三)不得从事特定的活动；
(四)将旅行证件、驾驶证件交执行机关保存。
被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人违反前两款规定，已交纳保证金的，没收部分或者全部保证金，并且区别情形，责令犯罪嫌疑人、被告人具结悔过，重新交纳保证金、提出保证人，或者予以逮捕。
对于违反取保候审规定，需要予以逮捕的，可以对犯罪嫌疑人、被告人先行拘留。
第七十条取保候审的决定机关应当综合考虑保证诉讼活动正常进行的需要，被取保候审人的社会危险性，案件的情节、性质，可能判处刑罚的轻重，被取保候审人的经济状况等情况，确定保证金的数额。
取保候审保证金的数额确定后，提供保证金的人应当将保证金存入执行机关指定银行的专门账户。
第七十一条犯罪嫌疑人、被告人在取保候审期间未违反本法第六十九条规定的，取保候审结束的时候，凭解除取保候审的通知到银行领取退还的保证金。”
【释评】上述修正的主要内容在于：一是增加了第69条第二款关于取保候审的附随义务；二是增加了关于确定保证金数额的原则以及退还保证金的具体手续，增强了可操作性，有助于解决实践中随意确定保证金数额以及“退保难”等问题。
但是，第六十九条第三款规定：“被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人违反前两款规定，已交纳保证金的，没收部分或者全部保证金，并且区别情形，责令犯罪嫌疑人、被告人具结悔过，重新交纳保证金、提出保证人，或者予以逮捕。”而没有明确何种情况下可以重新取保、何种情况下应予以逮捕，实践操作中可能产生一定的随意性。从立法目的解读，原则上被取保人违反第六十九条第一款规定的，应当予以逮捕，而不宜再重新取保；而被取保人违反第二款即附随义务的，则可以重新取保，当然情节严重的，也可以直接予以逮捕，例如，被取保人拒不交出旅行证件、驾驶证件，侦查机关怀疑其可能逃匿的，则可以直接逮捕。
此外，第六十九条第四款规定“对于违反取保候审规定，需要予以逮捕的，可以对犯罪嫌疑人、被告人先行拘留”，似属多余。因为，拘留与逮捕本属不同的强制措施，本就可叠加采用，立法上不作此规定，法解释上仍应按此操作。
二十九、增加一条，作为第七十二条：“人民法院、人民检察院和公安机关对于符合逮捕条件，有下列情形之一的犯罪嫌疑人、被告人，可以监视居住：
(一)患有严重疾病、生活不能自理的；
(二)怀孕或者正在哺乳自己婴儿的妇女；
(三)因为案件的特殊情况或者办理案件的需要，采取监视居住措施更为适宜的；
(四)羁押期限届满，案件尚未办结，需要采取监视居住措施的。
对于符合取保候审条件，但犯罪嫌疑人、被告人不能提出保证人，也不交纳保证金的，也可以监视居住。
监视居住由公安机关执行。”
【释评】增订本条之主要目的在于单独规定监视居住的适用条件和范围，从而将监视居住与取保候审脱钩，以解决之前监视居住定位不清的问题。
羁押，作为一项长时间限制犯罪嫌疑人、被告人人身自由的强制措施，对犯罪嫌疑人、被告人的生活权益侵害极大，基于此，各国均对羁押适用的具体方式作了一定的变通处理，其中比较典型的就是德国的“延期执行逮捕”制度和意大利的“住所逮捕”制度，我国的监视居住制度在功能上与此类似。
《草案》第七十二条之所以要求被监视居住的对象必须“符合逮捕条件”即罪该逮捕，是因为，监视居住本身就是逮捕的一种变通执行方式，即罪该逮捕，但因为特殊原因（疾病、生产等）而变通逮捕的执行方式。立法例上与此类似的如德国的“延期执行逮捕”制度和意大利的“住所逮捕”制度。所谓“延期执行逮捕”制度，根据德国刑事诉讼法的规定，指的是如果采取不那么严厉的措施，也足以达到待审羁押之目的的，法官应当命令延期执行仅根据逃亡之虞签发的逮捕令。被延期执行逮捕之人承担以下义务：（1）责令定期在法官、刑事追诉机关或者由他们所指定的部门地点报到；（2）责令未经法官、刑事追诉机关许可，不得离开住所或者居所或者一定区域；（3）责令只能在特定人员监督下可离开住宅；（4）责令被指控人或者其他人员提供适当的担保；（5）不得与共同被指控人、证人或者鉴定人建立联系。否则，法官应当决定执行逮捕令。意大利的“住所逮捕”制度与此类似。根据意大利刑事诉讼法的规定，在实行住地逮捕的决定中，法官规定被告人不得离开自己的住宅、其他私人居住地、公共治疗场所或扶助场所。在必要时，法官限制或者禁止被告人与其他非共同居住人或非扶助人员进行联系。如果被告人不能以其他方式满足基本的生活需要或者陷于特别困难的境地，法官可以批准他在白天离开逮捕地，在严格的时间限度内设法满足上述需求或者进行有关工作
