目前，地方政府设置的食品安全委员会办公室大致有如下三种类型：第一，食安委设立食安办，挂靠卫生行政部门，由政府副秘书长兼任办公室主任，例如广东省。第二，食安委设立食安办，食安办设在食品药品监管局，由食品药品监管局局长兼任办公室主任，例如浙江省。第三，食安办既是食安委的常设办事机构，也是政府的工作部门，负责食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故，承担食品安全委员会的日常工作，例如长沙市。
应当说，三种类型各有特色，第一种和第二种较为相似，比较符合食安委的办公室的定位，都是在现有格局下尽量整合有关部门的力量实施监管。相对而言，第二种设置更有利于几方关系的协调和监管工作的有效开展。第三种做法较为特别，它将食安办真正地实体化，成为政府的一个工作部门，如此，即便赋予其实际监管职权，也无障碍。第三种做法可以成为食品安全监管新模式的积极探索。应当说，这三种类型的设置都是合法的，既合乎《食品安全法》，也合乎地方组织法。
反观国家食安办，在法律已明确规定分段监管、卫生部综合协调的情况下，仍然在积极作为，似乎要朝着实权化方向迈进，这是没有法律依据的，甚至是违反法律的。虽然《食品安全法》有一条极其诡异、十分不妥当的授权，即“国务院根据实际需要，可以对食品安全监督管理体制作出调整”（第103条），但也不意味着国务院可以随意调整《食品安全法》这一法律所设定的监管体制，更不意味着国务院的职能部门有权进行调整。在国务院已经通过国发〔2010〕6号令的形式具体化《食品安全法》第4条第1款的规定之后，食安委（系由隶属于国务院的编办明确职责）就应为履行“高层次”的议事协调职责而努力，而不能做那些具体的监管、具体案件的协调工作。国家食安办作为食安委的办公室，自应恪守本分，实权化实在于法无据，而且徒增纷扰。否则，食安办又怎能让人安心呢？
