2011年3月中旬，瘦肉精猪肉曝光，农业部迅速介入，组织督导查处。因为涉及多部门的监管，卫生部也迅速组织综合协调。不料，国家食安办在一天之后也介入其中，联合七个部门，组成了国务院联合工作组。这时，卫生部就只能将之前收集来相关信息转交食安办，综合协调转由食安办实施。据悉，这是国家食安办成立以来办理的首个案件。最终的效果固然差强人意，但引发的问题是：一旦事故发生，究竟由谁来负责综合协调？现在两者都可以主动介入，如果卫生部介入在前，食安办随后介入，实践中的做法是卫生部将职权转交食安办行使；如果食安办不介入，则由卫生部组织协调。食安办囿于人员、信息渠道等的限制，第一时间介入的可能性微乎其微。在卫生部观望之时、移交有关材料之际，就可能已经延误良机，造成不必要的损害。
国家级议事协调机构设置办公室的并不少见，但除了南水北调工程建设委员会、三峡工程建设委员会以外，均设在直接相关的某一部委。而国家食安办没有不挂靠任何单位，独立成为食安委的办事机构。本来应为虚体的机构却实体化，这与议事协调机构的协调性质有所出入。如果再进一步办理实际案件、综合协调查处，则与“高层次议事协调机构”的高层次地位有所出入，也与编办所说的“不取代相关部门在食品安全管理方面的职责”相矛盾。
从法律的角度来说，同样的职权不能赋予两个不同的机构，否则会产生权力的冲突（或推诿塞责或争权夺利）、人财物资源的浪费，最后遭殃的还是消费者。食安委及其食安办的设置固然显示了中央对食品安全的重视，但其职权的配置和行使不能违背政府权力的一般规律。《食品安全法》明确将“食品安全综合协调职责”赋予卫生部，如果食安委再行使这一职权，将会违背权力配置的基本要求。虽然“综合协调”的事项可能有理解上的分歧，但从《食品安全法》的规定来说，这一职权明确授予了卫生部，明示其一，即排斥其他。那么，连食安委都没有具体事项的综合协调职权，更何况食安委下属的办公室呢？
相反，在地方上，食安办的设置和职权就灵活得多。因为《食品安全法》第5条仅仅规定地方政府“统一负责、领导、组织、协调”食品安全监督管理工作，而没有具体到某一部门如何履行职责，也没有将中央层面的分段管理体制简单地复制到地方层面。这种设计在制定《食品安全法》也是有考虑的，也为地方政府的改革留下了空间。
