（2）管理决策层的权力制约机制没有完全建立起来。按照规定，理事会由社员代表大会产生，信用社主任由理事会聘任，理事会应向社员代表大会负责，主任应向理事会负责。但长期以来，社员对这些管理人员的产生并不起决定性作用，而是由地方政府或上级联社指派人选，社员代表只是履行名义上的选举权，这就使得社员对民主管理中的程序失去了兴趣。其结果是社员代表大会不能制约理事会，理事会不能制约信用社主任。
（3）监事会的监督作用没有充分发挥。由于监事会没有常设机构，没有对理事会成员和信用社主任的弹劾权，没有建立完善的监事会工作程序和制度保障，因此大多形同虚设，并没有起到应有的监督作用。法人治理结构不健全，缺乏有效监督制约机制，使得信用社经营状况的好坏在很大程度上取决于管理人员的个人素质和道德修养。但是，在缺乏权力约束的情况下。道德修养的约束力是十分脆弱的，极易导致内部人控制，经营管理人员滥用职权，违规经营。从而使风险隐患加大，甚至发生严重经济案件。
（三）行业管理体系和金融监管体制不完善
世界合作金融发展的经验表明，建立金融管理当局的行政管理与合作金融组织行业自律管理相结合的行业管理体制，是保障合作金融实现自身基本特征的必要条件。我国目前信用联社组织基本上建立到地市一级（少数省设省联社），但是直接服务于农户的存、贷等业务却由县、乡两级农村信用合作社经营，从其运作的实际效果来看，存在以下不容忽视的问题：[2]
（1）在信贷管理方面，农信社行业管理部门制定的有关管理制度在有关法律面前显得苍白无力。首先，对地、县、乡三级农信社分别规定不同的信贷权限的法律位阶低且立法依据不充分。如对各级农信社规定不同的信贷权限，其最高法律依据只是人总行1997年以来相继发布的《农村信用合作社管理规定》、《农村信用合作社县级联合社管理规定》和《农村信用合作社市（地）联合社管理规定（暂行）》中要求的：农村信用合作社、县联社和市（地）联社接受行业统一的业务制度管理。其次，由信贷管理权限的约束而产生的农信社三级分级审批制度，也同样存在法律上的缺陷。第一，分级审批的法律依据不充分。乡镇社（或县联社）作为独立的法人，一旦与借款人签订借款合同，按照《合同法》即产生法律约束力，至于上级联社审批与否并不影响合同的有效执行。第二，信贷责任难以界定。目前农信社的分级审批制虽然推行了贷款调查（第一责任人）、审查（第二责任人）和审批（第三责任人）各负其责，对于强化信贷人员的工作责任心无疑有一定的积极作用，但作为贷款金额超过乡镇社的权限，经上级联社层层审批后，对该类贷款地县两级联社究竟负多大的审批责任并无统一的规定。同时，向下反馈审批意见的方式缺乏规范，最后在借款借据及合同上签字的仍然是基层社的主任。更重要的是如果该贷款诉之法庭，被认定放贷直接责任人的不会是上级联社的审批者，而只会是在借款借据及合同上签字的基层社主任和信贷员。因此，让作为管理部门的联社去为独立核算的基层社的贷款承担直接责任，于理不通，于法无据，于实无效。
