宪法规定法院、检察院和公安部门办理刑事案件，应当分工负责，互相配合，互相制约，以保证准确有效地执行法律，但多少年来，在刑事诉讼过程中人们就往往只看到三者相互配合给犯罪嫌疑人、被告人定罪，很少甚至没有相互制约，以致法院基本不做无罪判决。在现有体制下，法院、检察院和公安部门三家还不时搞“大三长”定案，变相合署办公。另外，检察院办理自侦案件，自己有权对犯罪嫌疑人决定逮捕，这种制度安排违反办理刑事案件三方相互制约的要求。造成这些状况的原因虽然复杂，但至少人们有理由认为现有刑诉制度不能遏制这类不符合宪法的规定和精神的情况出现。
因为缺乏相互制约，技侦手段运用的失控在受教育程度较高的各个职业群体中造成的影响，达到了近乎人人自危的程度。多少年来我国的做法都是，公安部门采取技术侦查措施，完全自己根据需要决定，不需要法院批准，也不需要检察院批准。现在知识阶层的人们，谁都知道我国公安、安全部门想拆谁的信就拆谁的信，想到电讯部门提取谁的手机短信记录就提取谁的，想监听谁的电话、定位谁的手机就监听谁的电话、定位谁的手机，如此等等。同样因为缺乏制约，公安部门对犯罪嫌疑人、被告人的侦查几乎没有真正终结的时候。为达到给犯罪嫌疑人、被告人定罪之目的，公安部门即使到了审判阶段也能随时和不受限制地对被告搞补充侦查。缺乏相互制约还致使我国刑事案件控辩双方地位不平衡，法院、法官惯于站在检控方立场考虑问题。
（五）现有刑事诉讼程序设计和职权配置的其他重大弊病
除了以上四个方面重大弊病外，现有刑事诉讼程序设计和职权配置还有一些重大弊病，这里合并简要说明：
1.由行政机关以行政行为长期剥夺公民人身自由的劳教制度、收容教养制度等应该纳入而没有纳入刑事诉讼法的调整范围。从宪法的观点看，这类长期以来饱受诟病，与建设法治国家和尊重、保障人权的宪法要求格格不入的制度在我国的存在，其本身就表明现有刑事诉讼程序设计和职权配置非常不合时宜。中国公民的人身权利和自由应该得到司法程序的保护。
