法院指定举证期限的最大优势在于法官凭借其法律素养及办案经验，往往更容易为当事人确定一个合理的举证期限，会更加注意提高诉讼效率。（注释5：据《证据规定》第33条，举证通知书随受理通知书、应诉通知书送达时，被告如果不答辩，法院只单方面了解原告的诉讼请求和所依据的事实及理由，对被告的抗辩还一无所知。在这种没有全面了解案情、争议焦点和各方取证难易的情况下，要法院提出一个合理、科学的举证期限也是较为困难的。）但是目前我国法官普遍承受着巨大的办案压力，出于对诉讼效率的天然追求，法官们会尽可能压缩举证期限以避免诉讼迟延。我国的审理期限制度存在一个技术缺陷，就是没有规定法官从最后一次开庭到做出判决之间的时限，在司法实践中，法官在实施举证时限制度时通过自由裁量权，缩短诉答和审理前的准备时间，增加法官自由支配的时间和空间。比如，将六个月法定限期进行分解，留给当事人诉答、审前准备至开庭审理的时间总共不到两个月，而将大部分时间留给法官在开庭之后评议、裁判、制作文书甚至进行非公开性的庭后”补充调查”。就实施效果来看，法官常常要么将指定举证时限绝对化，要么恣意决定和改变时限，使得程序时效制度在实施中出现两个相反效果：一方面促进当事人及时提交事实信息和证据，另一方面也妨碍和限制事实的查明和纠纷的实质性解决。[14]如果因法院对举证期限的指定不甚合理而直接导致当事人无法在既定期限内充分举证，则必然会使得其对法院本身及最终的裁判产生强烈的抵触情绪，当事人通常都会认为自己的“客观事实”摆在这里，只是因为超过了法院指定且并不合理的举证期限才未被采信，因此往往不会就此“善罢甘休”。本级法院告不赢，还有上级法院，上级法院告不赢，还有检察院抗诉、人大监督、新闻曝光、信访渠道、党政干预、直至进京上告，到最后还有“天理昭昭”，从而不利于纠纷的最终解决，甚至不利于社会秩序的稳定。[15]另外由法院指定举证期限也与当前适度弱化法院职权、强化当事人程序主体地位的司法改革背道而驰。[16]
究竟是由当事人自行商定举证期限还是由法院指定举证期限，应当尊重当事人的程序选择权，由当事人自行斟酌。毕竟程序选择权的运用，可以使程序制度更加民主化，也可以提升当事人对法院认定事实的接受和信服的程度。如果双方当事人就举证期限的确定方式之取舍难以达成一致意见，则从诉讼经济原则出发，直接由法院指定举证期限。如果双方当事人选择自行商定，那么法院应该另行召集当事人对举证期限进行具体协商。在协商过程中，法院应针对当事人可能缺乏对案件的全面了解以及欠缺法律知识等弱势，对当事人进行相应的指导，尽量帮助当事人确定一个合理的举证期限。因此，我国应在民事诉讼立法中明确规定一审中当事人商定举证期限的优先地位，同时以法院指定举证期限为补充，只有在当事人申请法院指定举证期限的情况下，以及当事人协商的举证期限明显不合理或无法就举证期限达成合意时，才能由法院指定举证期限。
