根据法律规定，我国公诉案件的处理大体要经过立案、侦查、批捕、移送审查起诉、提起公诉、审判等若干诉讼阶段。修订后的《刑事诉讼法》虽然事实上对诉讼的各个阶段都规定了具体的证明标准，但这些规定主要体现在量上，在质上却不够完善，因此应当借鉴英美国家的做法，根据不同的程序性措施及实体处置，从高到低设置不同的证明标准：立案应当认为有犯罪事实，需要追究刑事责任；逮捕要求有证据证明有犯罪事实；移送审查起诉、提起公诉、审判时必须是案件事实清楚，证据确实充分。特别指出的是，我国的刑事诉讼立法对立案和逮捕规定了较低的证明标准，照顾到了主观标准和客观标准的统一，基本上符合这两阶段的诉讼目的和诉讼任务，在称谓上如进一步将其明确为合理的犯罪嫌疑怀疑和确有证据证明则更为科学。同时，我国立法将移送审查起诉、提起公诉的证明标准与审判阶段有罪认定的证明标准合二为一，不仅混淆了检察机关的控诉职能与审判机关的审判职能，而且也与这些诉讼阶段的诉讼目的和诉讼任务不相符合。因此，有学者建议把移送审查起诉和提起公诉的证明标准修改为认为成立犯罪的内心确信并确有证据证明，而有罪判决的证明标准应当根据罪行严重程度的不同分别做出不同的规定[8]。笔者认为此种证明标准设计是可行的。
2.层次性的证明标准
所谓层次性的刑事诉讼证明标准，是指不同的证明责任主体和不同的证明对象适用不同的证明标准。
在刑事诉讼中，作为证明责任主体的人民检察院和被告人的证明能力是有天壤之别的。代表国家行使控诉职能的人民检察院掌握着强大的国家机器，其举证能力要远远大于被告人及其辩护人的举证能力。因此为实现举证上的公平和正义，控诉方的证明责任应适用较高的证明标准，而被告方只须证明有罪控诉是真伪不明的。
不同的证明对象主要是指程序上的法律事实与实体上的法律事实。程序事实主要是指对于解决程序问题具有法律意义的事实或者说是能够引起诉讼法律关系发生、变更和消灭的事实。它既可以是诉讼行为，也可以是诉讼事件。无论是何种事实的存在和发生，它们皆能发生一定的诉讼法律后果。实体事实是指影响定罪和量刑的事实。它主要包括犯罪构成的要件事实（其直接关系到罪与非罪、此罪与彼罪以及犯罪主体的确定问题，影响到刑罚权是否适用正确以及当事人的人身自由、财产甚至生命权的处分），从重、加重或者从轻、减轻、免除刑事处罚理由的事实，以及犯罪嫌疑人、被告人个人情况等方面的事实。在世界各国，在诉讼理论与实践中，对实体法事实适用较高的证明标准，而对程序法事实适用较低的证明标准是一种通行的做法。依据我国《刑事诉讼法》的相关规定，学界一般认为，对程序法事实的证明标准设置为可以推定事实存在即可。对于实体法事实，应当根据所要证明的罪行的轻重，适用不同的证明标准。总的原则是，犯罪的性质越严重，法律规定的证明标准应当越高。具体来说，从高到低应分为三个层次：（1）严格的逻辑证明。具体是指，运用完整统一的证据体系，进行严密的逻辑推理，从而得出确定的、唯一的结论。此标准可以适用于一切死刑判决和无期徒刑判决的案件，这类案件直接涉及人的生命权或终身自由的剥夺，因此应规定最为严格的证明标准。（2）排除合理怀疑形成内心确信。它可以适用于严重危害社会安全并适用无期徒刑以下刑罚的犯罪和可能判处有期徒刑以下刑罚的普通刑事犯罪。（3）相当程度的盖然性。这一标准对犯罪事实存在的盖然性程度要求比前者低一些，适用于法律规定可以适用简易程序审理的刑事案件和单处附加刑的案件[9]。
