问题三：证明商标或者集体商标的注册与地理标志产品保护登记的冲突。如果某一地理标志已作为地理标志产品保护登记，但是，却被另外的协会或者企业作为证明商标或者集体商标申请注册。在这种情况下，在先地理标志产品保护的登记人能否对抗在后的证明商标或者集体商标注册申请，即能否在证明商标或者集体商标经初步审定并公告后的异议期内，以在先登记而阻止该项注册呢？如果这样的地理标志被作为证明商标或者集体商标已核准注册，在先地理标志产品保护的登记人能否以其在先登记来请求商标评审委员会撤销其注册商标呢？对于这两个问题，都难以给出令人满意的答案，其理由在于：依据《地理标志产品保护规定》所取得的登记是不是一种在先权利？如果是，则可以根据《商标法》第41条第2款的规定，由在先登记人请求商标评审委员会撤销在后的证明商标或者集体商标注册；如果不是，则不可能这样做。
如果上述问题不解决，要想实现让地理标志产品走向世界的目标就是非常困难的，因为上述三大问题不仅会困扰地理标志的使用者，而且也会困扰消费者，影响市场竞争。
本文作者认为，依据《地理标志产品保护规定》所取得的地理标志产品保护登记并不是一项民事权利，而只不过是对地理标志产品保护所采取的一种行政管理措施。因此，在先的地理标志产品保护登记人无权对抗他人的证明商标或者集体商标注册申请或者商标专用权。
四、制度设计：双轨制抑或专有权
要解决上述三个问题，有两个可选择之方案：
（一）改进现行的双轨制，使之协调运行。
国家质量监督检验检疫局对《地理标志产品保护规定》作出修改，即：申请地理标志产品保护的，应当提交地理标志已获得证明商标或者集体商标注册人许可使用证明文件，其他规定作相应修改即可。这种修改的重要意义在于：将地理标志产品保护登记作为一项实施《商标法》关于地理标志作为证明商标或者集体商标注册后的保护实施措施，以确保将地理标志作为证明商标或者集体商标注册后，使用地理标志的人属于地理标志所指示的地区范围、使用地理标志的产品的确具有其指示的特定品质、声誉或者其他特性，确保地理标志所连接的地区和产品是名符其实的。这种修改的效果是将地理标志保护的双轨制改造成为了单一制，而且两者是互补性的关系，根本不可能出现前述的三个问题。如此这样，国家工商行政管理局与国家质量监督检验检疫局不仅具有共同的目标——保护地理标志；而且有了明确的功能分工——一个负责注册授权，一个负责使用授权。
