问题一：地理标志产品保护登记与证明商标或者集体商标发生冲突。如果申请地理标志产品保护登记的申请人，未经证明商标或者集体商标注册人授权，便将已被核准为证明商标或者集体商标的地理标志与特定地区的特定产品连接，申请地理标志产品保护，只要该申请符合地理标志产品保护的登记条件，就可以被批准登记。虽然在此之前，有两个月的异议期，但是，谁可以提异议，异议的理由是什么，根据何种程序提出等，都没有明确规定。这样的申请一旦被批准，就意味着已注册的证明商标或者集体商标没有实质意义。具体表现为：如果地理标志被核准注册为证明商标，那么，证明商标注册人自己不能使用该证明商标，但却不能禁止符合证明商标使用条件的人使用该证明商标，但是，对申请使用该证明商标的产品是否符合使用条件，则负有审查责任，因为注册人要承担使用其证明商标的产品符合相应的条件、以确保产品质量的责任。如果地理标志产品保护登记的申请人申请保护的产品不符合使用作为证明商标的地理标志的条件，却因为质量监督检验检疫局不了解该证明商标所要求的产品标准而被批准登记，就可能导致证明商标所证明的产品质量问题，而导致公众的误认、误购，既损害了公众的利益，也损害了作为证明商标之地理标志的声誉和形象。例如，2004年发生的“龙口粉丝”案就是典型案例。[7]对作为集体商标注册的地理标志，同样会产生这样的效果。
问题二：地理标志产品保护登记与其他地理标志产品保护登记的冲突。对于未申请证明商标或者集体商标注册的地理标志，会出现多个不同的且相互独立的地理标志产品保护的登记人，既造成消费者识别的困难，也会导致各个地理标志产品专有标志使用者之间的不正当竞争。例如，某地理标志所指示的地域跨越两个或者两个以上的县级行政区划，根据《地理标志产品保护规定》第8条规定，地理标志产品保护申请，由当地县级以上人民政府指定的地理标志产品保护申请机构或人民政府认定的协会和企业（以下简称申请人）提出，并征求相关部门意见。由于各个县级政府都愿意本辖区从地理标志产品保护中获益，所以，各个县级政府就会指定本县的地理标志产品保护申请机构、协会或者企业来申请地理标志产品保护，而不会主动去与其他的县级政府联系。一旦几个县就同一个地理标志产品保护获得登记，取得地理标志产品保护的专用标志使用权，就会出现同一个地理标志产品在几个不同的县级区域内同时使用。由于它们没有共同的上一级管理人，很容易发生彼此谁也不考虑其他使用人的利益而滥用地理标志，从而导致消费者的误认、误购，或者因产品质量问题而造成消费者的损失，最后使该地理标志成为公共垃圾。
