从上面所介绍的情况看，至目前为止，我国的地理标志保护已经取得了不错的成绩，值得肯定。但是，仍然存在许多令人担忧的情形：
1.政府和企业尚未给予足够的重视
我国幅员辽阔，地大物博，值得保护的地理标志非常多。但是，到目前为止，已经注册为证明商标或者集体商标的地理标志总共才171件，初步审定并公告的25件，总共不超过200件。这种现象表明，我国许多地方政府虽然总在喊发展经济，但更多的是招商引资，搞一些中看不中用的花架子工程，而没有重视地理标志保护所具有的重要作用。
2.区域差距巨大
在现有的139件（171件地理标志注册商标中有32件是外国人的）注册地理标志证明商标或者集体商标中，其分布非常不均匀。这139件注册商标的注册人分别来自于27个省、自治区、直辖市，其中山东省12件、四川省9件、浙江省23件、安徽省11件和湖北省7件。[4]
3.用于地理标志产品的研发资金投入明显不足
我国现在已经注册为证明商标或者集体商标的地理标志，其中有一些是靠政府扶持完成的，但绝大多数是靠企业或者经营者的努力获得的，也有一些是随着市场的发展自然产生的。由此可见，政府或者企业用于地理标志产品的专项研发资金明显不足，这就难以在这方面取得大的成绩。
4.产品的竞争力不充分
法律为地理标志设立特殊保护机制之目的在于让有特定品质的产品具有更强劲的市场竞争力，以促进经济发展，尤其是促进农业经济发展。但是，如果地理标志所指示的产品不具有特定品质，或者缺乏良好的声誉，那么，相应的地理标志也不能让它产生特殊利益。
5.执法措施不力
这是一个老话题，虽然已经谈了很多年，但至今仍然没有显著改变。以地理标志保护为例，“信阳毛尖”早已被注册为证明商标，而且已经有许多企业被登记注册为地理标志产品保护的专有使用人。按理说，至此后，市场上的“信阳毛尖”茶叶应当都是拥有专有使用权的企业加工的产品。事实上，现在有许多小商店、超市、小茶叶铺销售的“信阳毛尖”茶依然是假货。这样的假货为什么能够明目张胆地逍遥于市呢？其原因当然有很多，但执法不力不能不说是其中的重要原因。知识产权
其他的地理标志产品被假冒的也很多。在今后一个时期内，如果不能从根本上改变上述现象，我国的地理标志保护仍然不可能产生令人满意的效果。
