其次，科学性原则要求刑事诉讼立法要符合人自身发展规律的需要。作为人自身的发展规律，首先是生存的需要，其次是享受和发展的需要。因而，刑事诉讼法必须满足人自身发展规律的要求，以确立人自身发展的内在尺度。由于长期以来我们认识上的偏差，往往认为个人只有克服和牺牲个人利益才是高尚的、可贵的，所以导致刑事诉讼立法轻视对犯罪嫌疑人、被告人正当合理权利的保护，在刑罚执行过程中只注重劳动，不注重对罪犯权利的保护。而且，刑事司法实践中，常常以社会治安是否得到维护为标准来评价刑事司法的效力，进而不惜牺牲犯罪嫌疑人、被告人的个人利益。这些做法只会引起新的矛盾和更大的混乱。我国的犯罪数量有增无减就是很好的例证。只有尊重个人的价值、保护个人的正当利益、促进个人才能全面发展的刑事诉讼法才是科学、公正的。
再次，科学性原则要求修改刑事诉讼法时要处理好公正和效益的关系。刑事诉讼中的效益可以分为经济效益和伦理效益。刑事诉讼的经济效益，是指刑事诉讼中所投入的人力、物力及财力等经济资源和产出——裁判的比值关系。刑事诉讼中经济资源的耗费有两种，一是“错误耗费”即由于刑事诉讼中的错误拘留、错误逮捕和错误审判等所造成的耗费，它使刑事诉讼中投入的资源付之东流，不产生任何经济效益；二是“直接耗费”即进行侦查、起诉和审判等诉讼活动所直接产生的耗费，刑事诉讼的时间越长，诉讼程序越是繁琐、复杂，直接耗费也就越大。因此，经济效益原则要求刑事诉讼活动应最大限度地减少这两项耗费的总和。刑事诉讼的伦理效益，是指刑事诉讼中所投入的人力、物力及财力等经济资源和刑事诉讼在维护社会秩序、保障社会安宁等方面的收益的比值。伦理效益原则要求刑事诉讼活动应以最小的经济支出使公民获得最大的社会安全感。一定时期的经济效益通过努力是能够准确测量和计算出来的；而一定时期的伦理效益要准确地测量和计算出来则是非常困难的，甚至是不可能的，但是通过和其他时期进行比较并在确定一个参数的基础上还是能够粗略地估算出来的。经济效益和伦理效益的总和构成了刑事诉讼的效益。效益原则要求刑事诉讼活动以最小的经济投入获得最大的效益。一般而言，刑事诉讼程序保持适度的效益，能够保证程序及时产生裁判结果，维护犯罪嫌疑人、被告人的合法权益，这将促进程序公正；公正的刑事诉讼程序不但能够保障犯罪嫌疑人、被告人的人权，而且能够罚当其罪，因而能够及时地产生裁判结果、避免“错误耗费”，增加公民的安全感，这将提高刑事诉讼的效益。这些是刑事诉讼程序公正和效益一致性的体现。然而，在许多场合下，刑事诉讼程序公正和效益之间的冲突又难以避免。这种冲突主要表现在三个方面：第一，司法资源的有限性从整体上限制了司法部门对正义的绝对追求；第二，在正常情况下，刑事审判程序公正性的增强会直接导致司法资源耗费的增大，以至于降低审判活动的经济效益；第三，对程序经济效益的不适当追求往往会使正义的要求无法在刑事审判过程和结果中实现[8]（P.109—110）。刑事诉讼的效益如果被不适当的追求，例如从重、从快、从严等，程序会过于简化，这将会严重损害程序的公正性。科学化原则要求，当刑事诉讼程序公正和效益发生冲突的时候，应该坚持公正优先的原则；也就是说，在对公正和效益价值进行选择时，应将公正作为优先选择和实现的价值，因为只有在公正得到实现的前提下，才能谈得上刑事诉讼程序效益的提高。刑事诉讼程序的设计如果不科学，那么既无公正可言，又无效益可言。我们之所以说刑讯逼供、诱供、骗供等程序是不公正的，而且是低效益的，不仅因为它们侵犯了公民的基本权利，而且还在于这些程序对案件事实的认识是建立在逼取的或骗取的被告人口供的基础之上的，它违反了科学的认识论，经常发生错案、冤案。“实质上，在解决社会冲突这一特定的领域内，程序的公正性和程序的科学性是同一实质的不同概念。程序的科学性不仅仅是对诉讼的一种技术性功能的评价；程序的公正性也不只是诉讼程序的政治特征。”[9]（P.90）
