另外，在同一海域范围内，如果不同的申请人都获得了许可证书，例如，某一人从事养殖业，另一人从事建造、开采等活动。在此情况下，可以考虑根据两项规则来解决：一是根据物权法中的“先来后到”规则。如果两项权利之间发生直接冲突，譬如一人根据养殖权要求从事养殖，另一人根据海域使用权也要求进行养殖活动，则应根据两项权利设立的时间顺序来解决冲突。二是根据《物权法》第136条的规定，新设定的用益物权不得损害已设定的用益物权。例如，一方首先在特定的海域取得了养殖权从事养殖，另一方后来又取得海域使用权来从事开采、建造等活动，则开采建造等行为不得影响他人的养殖活动。
四、海域使用权与采矿权
采矿权是指在依法取得的采矿许可证规定的范围内，开采矿产资源和获得所开采的矿产品的权利。取得采矿许可证的单位或个人称为采矿权人。《物权法》第123条确认了采矿权是一种准用益物权。设立采矿权本身是国家行使矿产资源所有权的结果，也是合理利用自然资源，促进资源有效利用的重要方式。[19]从比较法的角度来看，许多国家承认采矿权为一种用益权。我国物权法规定采矿权也适应了这样一种物权法的发展趋势。在各类采矿权中，海域中的矿产资源的开采权，也称为海洋矿业权，是指自然人、法人和其他社会组织依法享有的，在一定的海域和期限内，进行矿产资源勘查和开采等一系列经济活动的权利。[20]此种权利是在一定海域内行使的，因而与海域使用权具有密切的联系。
根据我国的《海域使用管理法》第25条的规定，申请人可以利用海域从事海底采矿活动，这样在海域使用权中也可能包含采矿权。如果申请了海域使用权，是否还需要再另行申请采矿权才能从事开采活动？反之，如果取得了采矿权，是否还需要申请海域使用权？根据《矿产资源法》第16条“开采下列矿产资源的，由国务院地质矿产主管部门审批，并颁发采矿许可证：??（四）领海及中国管辖的其他海域的矿产资源”，据此，即使是在特定的海域内开采矿产，也必须要取得采矿权。反之，即使取得了海域使用权，并不当然取得了采矿权，在特定的海域范围内，勘探、开采一定的矿藏，也不应当然包括在海域使用权之内。这主要是由于如下原因：
第一，从保护国家的矿产资源和保护自然资源的角度考虑，一方面，我国法律对取得海域使用权和取得采矿权的资质要求是不同的，不能因为取得了海域使用权就自动取得了采矿权，否则会使采矿权的资质要求形同虚设。另一方面，我国的《矿产资源法》对于采矿权的主体设定了严格的资质条件，但是对于海域使用权的主体则没有那么严格的规定。因此，仅取得海域使用权证书不能自动取得采矿权证书。
第二，开采活动必须要受到有关部门的严格监管，因为开采活动可能对海洋环境造成污染，对矿物资源造成破坏，由于海水的流动性、扩散性等特性，探矿、采矿过程中产生的污染也可能使渔业资源的数量、质量下降，所以对采矿权实行严格的控制是必要的。[21]所以不能因为取得了海域使用权，就同时取得了采矿权。如果要在海洋从事开采活动，必须要同时取得两项权利。
