1.权利的取得方式不同
一般的用益物权都是通过物权设定合同加公示方法取得的，原则上要有设定他物权的合意。但海域使用权的取得方式不同，表现在一方面，海域使用权的设定不需要通过设定用益物权合同完成，而是通过行政审批的方式获得行政许可取得准用益物权。这种行政许可实际上是在申请人符合法定的条件时，政府授予其从事捕捞、采矿等资格。因此，这些权利常常被称为特许物权。[10]但行政特许只是产生海域使用权的方式，并不意味着海域使用权本身就是行政法上的特许权。另一方面，依据我国现行法律规定，海域使用权的取得并不需要登记，所以其与建设用地使用权等典型的用益物权是有区别的。
2.权利客体不同
一般的用益物权都是以不动产为客体，在特殊情况下可以以动产为客体，但都是以有形财产为客体，而且客体都必须特定化，从而使物权人具有确定的支配对象和范围。而海域使用权并不是以特定的不动产为客体，而是以海域为物权客体。海域在性质上属于自然资源的范畴，在某些情况下，海域使用权的客体甚至具有不特定性，比如在同一个特定的水域内可以同时为多个权利人设定捕捞权，因此权利人的客体具有很强的不特定性，很难在行使权利之时就具体确定其数量、形状、位置等。[11]
3.权利内容不同
按照物权法定的原则，物权的内容和类型一般都由法律进行规定，而一般的用益物权还可以通过合同自由约定来弥补法律硬性规定的不足。但是海域使用权的内容不仅要适用法律的规定，还要遵守行政许可的具体规定，例如海域使用权行使的范围、期限、用途等都需要遵守海域使用许可证的具体规定。尤其需要指出的是，用益物权虽然也会负有一些公法上的限制义务，但权利人承担的主要还是私法上的义务，而海域使用权人负担的公法上的义务比较多，甚至构成权利人的主要义务。在现实生活中，海域资源的利用不仅涉及民事主体的私人权益，关系到国计民生和社会经济的发展问题，而且关涉生态环境的保护和社会的可持续发展。这不仅需要通过《物权法》中权利行使的规则来对其进行限制，也应当遵守相关公法上的对此种权利行使所提出的要求[12]，这主要是国家出于管理自然资源、保护生态环境的需要，而对准用益物权的行使进行必要的干预。例如《海域使用管理法》第23条就规定，海域使用权人负有依法保护和合理使用海域的义务。通过这些公法义务的设定，有助于保证这些准用益物权的行使符合国家的公共利益。
4.权利的行使方式不同
一般用益物权人是对不动产进行占有并进行使用和收益；但是海域使用权人不是直接在不动产之上进行开发利用并获取收益，而是对特定的海域进行各种利用行为，例如，利用特定的海域从事渔业养殖、旅游开发、船舶修理等。当然，在权利的行使中，权利人不能完全排斥他人在同一范围内的利用行为。[13]例如，在不影响海域使用权人正常行使权利的情况下，其他人可以通过合理的方式利用相应海域，如船舶无害通过的权利。海域使用权在性质上是对资源使用、收益的权利。近年来，海域的经济价值不断增长，对海域综合利用的水平也逐渐提高，例如，权利人可以利用特定的海域从事养殖、旅游、围海造田、修建港口、搭建海上石油平台等海上设施等，海域使用权的价值日益凸显。
5.法律适用不同
一般用益物权主要适用《物权法》的规定，当然特别法也可以进行补充规定，从而引致到相关的特别法。例如，《物权法》第131条规定：“承包期内发包人不得收回承包地。农村土地承包法等法律另有规定的，依照其规定。”但是海域使用权主要是由特别法如《海域使用管理法》规定的。物权法中主要是对海域使用权做出一般性规定，它只是确认了其物权的性质，而具体的内容和行使等往往需要由特别法做出相应的规制。在特别法中不仅要对权利人的权利予以确认，还必须对这些权利主体所承担的国家和社会的义务做出规定，才能更好地实现国家整体利益和社会公共利益，所以这些权利应当是物权法和特别法双重规定的产物。当然，物权法和特别法对这些权利规定的内容是不一样的。物权法只对这些权利做出概括性的规定，表明这些权利可以适用物权的基本规则如公示公信原则，并可以采用物权的保护方法对这些权利进行保护。有关这些权利的设定、取得、终止以及权利的具体内容，因为与行政管理具有密切的联系，应当在特别法上做出规定。[14]在法律适用方面，按照特别法优先于普通法的规则，首先应当适用特别法的规定，没有规定时，才适用物权法。
