但是，最高额抵押权毕竟是一种比较特殊的抵押权，因此在其设立登记上与一般抵押权的设立登记也存在不少值得重视的差异，归纳起来有以下几点：
1. 抵押合同上的差异
最高额抵押权设定登记时应当提交的是最高额抵押合同，而一般抵押权设立登记时提交的是抵押合同。依据《担保法》第93 条的规定，最高额抵押合同与设定一般抵押权的抵押合同，都可以是单独订立的书面合同，包括当事人之间具有抵押担保性质的信函、传真等，也可以是主合同中的抵押担保条款。然而，要判断一个合同究竟是设立一般抵押权的合同，还是设立最高额抵押权的合同，重要的是看其中是否存在以下两项比较特殊的条款：
（1）最高债权额限度条款。最高额抵押权与一般抵押权一项最大的区别就在于存在最高债权额限度。这是因为最高额抵押权担保的是一定期间内将要发生的债权，如果没有最高债权额限度，则意味着抵押权人与抵押人之间设定的是一般抵押权，而该抵押权担保的债权又属于将要发生的不确定的债权，故此因违反从属性，该一般抵押权亦不成立。所以，房屋登记机构在办理最高额抵押权登记时，一定要认真审查最高额抵押合同中是否有对最高债权额限度的明确约定，如果没有约定或者约定不明确，登记机构不应核准登记。
（2）债权确定期间条款。所谓债权确定期间也称“决算期”，它是使得最高额抵押权所担保的不特定债权得以特定的日期。但需要注意的是，债权确定期间条款并非最高额抵押合同的必备条款，它可由当事人自行约定；如果没有约定或约定不明，则依据《物权法》第206 条第2 项，抵押权人或者抵押人可以自最高额抵押权设立之日起满二年后请求确定债权。正是由于最高额抵押合同中具有上述两项特殊条款，《办法》第53 条才明确规定：“对符合规定条件的最高额抵押权设立登记，除本办法第四十四条所列事项外，登记机构还应当将最高债权额、债权确定的期间记载于房屋登记簿，并明确记载其为最高额抵押权”。
2. 主合同上的差异
依据《担保法》第44 条的规定，无论是在房屋上设立一般抵押权，还是设立最高额抵押权，当事人都应当向登记部门提供主合同。但是，设立一般抵押权与设立最高额抵押权时当事人提交的主合同是不同的。在房屋上设立一般抵押权时，当事人提交的主合同都是产生特定债权的合同，也就是说，无论当事人之间的债权合同是借款合同、买卖合同，还是其他合同，该合同产生的债权数额都是已经特定的。例如，甲银行与乙企业之间签订一份抵押借款合同，约定甲银行向乙企业贷款1000 万元，用于设备改造，乙企业以其厂房一栋向甲银行设定一般抵押权。在申请一般抵押权登记时，所谓主合同就是这个贷款合同。当然，主合同的表现形式也可以是多种多样的，如单独订立的借款合同书，也可以与抵押合同条款混合在一起。但是，无论如何一般抵押权设立登记中主合同发生的债权都是特定的。可是，最高额抵押权设立登记中的主合同却非常特殊，它是“一定期间内将要连续发生的债权的合同或其他登记原因证明材料”。所谓“一定期间内将要连续发生的债权的合同”，可以是买卖合同、借款合同，也可以是票据贴现合同、银行卡合同等。但是，该合同与一般抵押权设定登记中主合同不同的是，它能够导致一定期间债权的连续发生。例如，当事人之间订立的一定期间内的连续性供货合同、一定期间内的授信协议等。如果当事人提交的主合同并不能够在一定期间内引发债权的连续发生，而只是会发生某一个特定的债权，那么这个合同就不属于《办法》第51 条第5 项的规定。为这种合同债权提供担保抵押权就不是最高额抵押权，而只可能是一般抵押权。所谓“其他登记原因证明材料”是一种兜底性的规定，也就是说，随着将来经济生活的发展，可能出现的在当事人订立的合同之外能够引起一定期间内将要连续发生债权的证明材料。
