根据本文的定义，跨国犯罪与涉外犯罪之间存在着以下主要区别：
（一）行为人是否为犯罪而在两个以上国家间流动往返
虽然，涉外犯罪的构成要件必然涉及外国因素，如犯罪的侵害对象为外国人、停留本国的外国人实施犯罪行为、行为的作用力波及国外等，但行为人是否为了犯罪而刻意流动往返于两个以上的国家并不是涉外犯罪的根本特征，更不是涉外犯罪成立的基本条件。与此相对应，跨国犯罪中的“跨国性”具有明显的故意，行为人不仅流动往返于两个以上的国家，而且流动往返的目的就是为了实施某种特定的犯罪，这是跨国犯罪的基本特征，不具备这两项特征的犯罪，不可能是跨国犯罪。比如，外国公民来本国学习、考察、工作或探亲访友，停留期间的某一行为触犯了本国刑法，因此而成立的犯罪就不属于跨国犯罪，相反却是典型的涉外犯罪。再如，本国公民在出国学习、考察、工作或探亲访友期间，某一行为触犯了所在国的刑法，因此而成立的犯罪，就所在国的法律而言，属于涉外犯罪，而就本国法来说，由于该行为触犯的是行为地国家的刑法，外国的司法机关具有完整的刑事管辖权，属于典型的国外犯，既不属于涉外犯罪，也不属于跨国犯罪。
（二）行为是否同时触犯两个以上当事国的刑法
从刑法学的角度分析，跨国犯罪既不是一个国内法的概念，也不是一个严格的国际刑法概念，而是一个涉及两个以上国家刑法的特殊犯罪现象。行为具有双重的刑事违法性、行为侵害两个以上国家的利益、两个以上国家都具有刑事管辖权是跨国犯罪的重要特征。在这一系列特征中，行为是否同时触犯两个以上国家的刑法，是区分跨国犯罪和涉外犯罪的基本法律依据之一。虽然，与跨国犯罪一样，涉外犯罪也不是一个特别严格的法律概念，但与跨国犯罪明显不同，涉外犯罪行为并无双重刑事违法性的一般要求。因此，是否同时触犯两个以上当事国的刑法，是区分跨国犯罪与涉外犯罪的重要依据之一。具体地说，认定跨国犯罪，必须具备行为同时触犯两个以上当事国刑法的条件；而认定涉外犯罪，无须考察行为是否同时触犯两个以上国家刑法的问题。
（三）当事国之间的刑事管辖冲突能否合法有效排除
跨国犯罪必然触犯两个以上当事国的刑法，因而对于某一特定的跨国犯罪，各当事国都具有一定的刑事管辖权。从理论上说，各当事国所拥有的刑事管辖权大多处于无法直接区分优劣、明确先后的状态。因此，跨国犯罪的最终管辖往往并不建立在管辖国之间有效解决或排除管辖冲突的基础之上，而是特定的事实与环境因素起主导作用。比如，劫持A国的飞行器降落于B国这一跨国犯罪，尽管A国与B国都具有同等的管辖权，但最终的管辖国究竟是降落国还是飞机注册国往往取决于实际控制犯罪人的事实条件。涉外犯罪也可能发生管辖权上的冲突与争议，但以国内刑法和刑事诉讼法为唯一依据的涉外犯罪，其中可能发生的管辖争议能够得到有效而合法的排除，如外国人在本国犯罪或者本国人在本国侵犯外国人的犯罪，按照属地主义优先的原则，可以有效排除属人主义的争议；行为的作用力波及外国的涉外犯罪，按照行为地主义的原则能有效排除结果地主义的争议。特别是，跨国犯罪的基本特征之一是行为人为了犯罪而刻意流动往返于两个以上的当事国，故其犯罪行为往往是多重的、相互交错的，这就为管辖权的争议增添了大量不确定的因素。与此相反，涉外犯罪并没有这一特征，它是建立在本国法和行为地在本国境内的基础上的，故行为往往并不存在多重性与交错性，即使存在着管辖权的争议也往往显得并不十分复杂，容易依据本国法进行合法的排除。
