一、国家主权原则
国家主权原则是国际恐怖主义防治机制应遵循的首要原则。国家主权是国际法中最为核心的概念，自法国博丹（Bodin1530～1590）在《论共和国》或《国家六论》中首次把主权一词引入政治学并创立主权学说以来，虽历经绝对主权观、相对主权观、主权虚无观和平等主权观等多种解释，但其内涵一直没有改变，即不论国家大小、强弱，国家主权是独立与平等的。一般而言，国家主权主要有以下属性：首先，主权是动态和发展的而不是绝对永恒不变和静止的，并随着社会的发展而不断丰富发展。其次，一国主权最本质属性，就是其属地性或领土性（主权可以支配领土上的一切人和物）和最高权力性或排他性（它不从属于任何其他权力，具有属地方面的最高统治权和独立权）。再次，主权是国家的固有权利，未经主权国家同意（不得被迫同意），不可转让其任何权利。最后，现代国家关系中互相依存、相互联系和国家间既合作又斗争的特点要求现代国际法上的主权，必须是有节制的而绝不能是不负责的、体现弱肉强食法则的霸权{2}。
就构建国际恐怖主义防治机制而言，国家主权原则主要体现在如下几个方面：第一，国家主权原则是构建公正、合理的国际政治经济新秩序的核心，而公正、合理的国际政治经济新秩序又是消除国际恐怖主义产生根源的最为重要的手段。第二，国际恐怖主义具有跨国性，不单纯属于一个国家内部所管辖的问题，因此，这就需要国家克服绝对主权观的障碍，在国际恐怖主义防治方面进行真诚的合作。第三，在制定一个统一为各国所接受的国际恐怖主义的定义时，各国一定要在联合国宪章的框架内，在主权平等的原则下，进行充分的协商，不要企图以自己优于其他国家的实力来主导定义的话语权。第四，禁止随便将某个国家认定为所谓的“无赖国家”或“流氓国家”和禁止随便将某一国家视为与国际恐怖主义组织有牵连而加以任意打击。美国打伊拉克和宣称伊朗、叙利亚和朝鲜等国为“流氓、无赖”国家就是适例。第五，任何国家或国际组织在对一个国家境内的国际恐怖主义活动进行打击时，一定要与该国进行充分协商和通报相关情报等。
欧美学者对冷战后时期的国家主权的认识表现为：其一，国家主权在冷战后受到民族主义趋势的严重影响；其次，传统主权概念不再适应新的时代；最后，主权已不再非国家莫属，而应以民族为其所属者{2}。这些观点对民族分离活动起着推波助澜的作用，而冷战后时期的民族分离活动实质上是国际恐怖主义的一种表现形态，比如俄罗斯联邦中的车臣共和国的分离运动、我国新疆东突恐怖主义活动等。因此，坚持正确的国家主权观对国际恐怖主义防治机制的建构起着坚实的堡垒作用。
二、国际合作原则
“在当今的世界体系中，国家并非存在于真空中，而是互信依赖的。这种相互依赖的关系渗透到了人类生活的几乎所有方面。”{3}这种依赖性呼唤着国际合作原则。国际合作原则是国家主权原则的必然延伸，该原则强调所有国家对国际社会面临的共同问题，在主权平等的基础上，通过平等协商，在共同行动方面展开真诚合作。由于国际恐怖主义行为具有跨国性，对其防治无法由单个的国家靠一己之力来完成，即使政治、经济和军事实力最为强大的超级大国——美国也不例外。美国由于长期采取单边主义的做法，未能有效利用国际刑警组织等国际法律合作手段，也未能有效地执行国际公约早已规定的安检措施，从而导致震惊世界的“9·11事件”发生。美国前国务卿鲍威尔2003年4月30日在美国发布《2002年全球恐怖主义形势报告》时说：“现在，每个国家都认识到，我们必须同舟共济，任何一个人都不能单独对抗恐怖主义。对这个全球性的威胁必须有全球性的回应。协同行动至关重要，而我们正在共同采取这种协同行动。”{1}在全球化的大背景下，国际恐怖主义活动表现得越来越复杂，危害性亦愈来愈严重，由于国家主权原则的内在要求，没有一个实体能够凌驾于主权国家之上，因此，对国际恐怖主义的防治就需要各国的真诚合作。
