第二，犯罪目的的明确性。分裂国家组织设立的目的，就是共同进行分裂国家的犯罪活动。这种进行分裂国家犯罪的目的，将分裂主义分子紧密联系在一起，相互配合，相互支持，形成一个罪恶的整体，共同危害社会。因此，行为人在主观上不具有分裂国家这一犯罪目的的，不能认定为分裂国家组织。当然，基于共同进行分裂国家犯罪的主观意图组成分裂国家组织，并不要求每一成员都实际会进行具体的分裂国家犯罪活动。尤其是规模庞大的分裂国家组织，其成员之间基于不同分工，有的专门进行具体的犯罪，有的则专司管理成员、筹措经费、对外联系等活动，但其基于分裂国家犯罪这一目的而联系成为一个整体，因而仍然构成组织、领导、参加分裂国家组织罪。
第三，较强的组织性。分裂国家组织，作为一种有组织工作犯罪的结构形态，成员之间由于一致的犯罪目的而存在较为紧密的联系，结构比较严密，如组织特别是规模较大的组织成员之间一般有明确的分工，有组织工作、领导犯罪组织的首要分子；重要成员尤其是骨干成员基本固定；组织、领导者和一般参加者之间，层次通常比较分明，等级界线比较森严；纪律比较严格，有的还较为残酷，以此约束、规范组织成员等等。
第四，一定的稳定性。分裂国家组织一旦成立，成员之间因为明确一致的目的和较为严格的纪律约束，相对稳定；他们以首要分子为核心，相互联系，在较长的时间内进行各种分裂国家的犯罪活动，或以此为常业，表现出一定的稳定性。
第五，严重的危害性。分裂国家组织所犯罪行基于其目的，不仅性质严重，而且因为犯罪时通常都有比较周密的计划，手段狡猾，举组织之全力，从而对社会所造成的危害性异常严重，有的甚至骇人听闻，危害之巨，无法想象。
分裂国家组织，除了具有上述内在的基本特征外，还具有以下非本质的外在表现特征，即犯罪活动的公然性、犯罪方式的多样性以及犯罪活动的日趋国际化等等。应当指出，上述分裂国家组织的外在非本质特征与内在的本质特征具有不同的意义。前者这些外在特征，并不影响分裂国家组织的本质，缺少它们分裂国家组织仍可成立。而后者乃是分裂国家组织构成的必要条件，是认定分裂国家组织及其犯罪活动的基本依据，是每一分裂国家组织所具有的共同特征，缺一即不能成立为所谓的分裂国家组织。因此，在司法实践中不能将二者混为一谈。需要注意加以区分。
3．本罪的主体为一般主体。凡年满16周岁具有刑事责任能力的自然人，无论是我国公民，还是外国人、无国籍人，均可构成本罪。但是，在司法实践中，实际能够成为本罪主体的应是组织、领导或者参加分裂国家组织的人员，多为分裂国家组织的成员，包括首要分子及其参加者。对于一般参加者，不能绝对化地不分情况一律以犯罪论处。对于那些因不明真相而参加分裂国家组织，一旦发现即脱离关系，实际上也未参加分裂国家组织活动或只是一般性的日常活动的，或者受欺骗、蒙蔽、利诱或者胁迫参加分裂国家组织，但消极对待，经教育后痛改前非，积极检举、揭发分裂国家组织成员及其犯罪活动的，则可根据刑法第13条“但书”的规定认定为“情节显着轻微危害不大”而不认为是犯罪。另外，年满14周岁不满16周岁的人仅仅参加甚至组织、领导分裂国家组织的，不能以本罪论处。但是如果组织、领导、参加分裂国家组织的故意杀人、伤害致人重伤或者死亡、放火、爆炸、投放危险物质、强奸、抢劫、贩卖毒品等八种犯罪的，则应依法追究其刑事责任。
