《中华人民共和国土地管理法》在我国耕地被大肆征收或征用，基本农田大量减少的背景下修改出台，在其第一条就规定了切实保护耕地的内容，对耕地实行特殊保护原则。《中华人民共和国土地管理法》第十九条第一款：“严格保护基本农田，控制农业建设占用农用地，”第五款：“占用耕地与开发复垦耕地相平衡，”第三十一条第一款：“国家保护耕地，严格控制耕地转化为非耕地，”第三十三条“省、自治区、直辖市人民政府应当严格执行土地利用总体规划和土地利用年度计划，采取措施，确保本行政区域内耕地总量不会减少；耕地总量减少的，由国务院责令在规定期限内组织开垦与所减少的耕地的数量与质量相当的耕地，并由国务院土地主管部门通过农业行政主管部门验收。个别省、直辖市因土地后备资源匮乏，新增建设用地过多，新开垦耕地的数量不足以补偿占用耕地的数量的，必须报经国务院批准减免本行政区域内开垦耕地的数量，进行易地开垦。”由此可以推出，立法者对于耕地保护相当重视，保护耕地是我国的一项基本国策。但是我国耕地保护的现状却不容乐观，退耕还林所减少的耕地数量又占第一位，我国土地资源总量是一定的，由此保护耕地与“退耕还林（草）”之间发生了冲突。
“我国退耕还林自1999年试点到2000年10月31日，中国耕地面积为19.23637亿亩，年内净减少耕地1443.5万亩。在减少的耕地中，全年建设占用的耕地244.9万亩，当年灾毁耕地92.6万亩；全国因农业结构调减少耕地398.4万亩；生态退耕达1144.2万亩。”2002年，全国各地生态退耕面积为2138.3万亩，加上农业结构调整减少的耕地，仅2002年一年，全国净减耕地2529.3万亩。截至2002年10月31日，全国耕地面积为18.89亿亩。2003年退耕还林计划完成退耕还林1.07亿亩等等。
从以上资料可看出，退耕还林工程仅实施四年，就使大批耕地用于生态建设，越来越多的农民在政府的统一协调指挥下在自己的土地上植树种草，而这一切都是在行政命令下实施的。我国保护耕地的法律规定在大批减少的耕地面前无异于一纸空文[5]。“我国是一个人口多、耕地少的国家，在相当长的时期内，人口增加耕地减少的趋势基本难以改变，必须把保护耕地作为一项关系国计民生和国家可持续发展的大事来抓，任何时候都不能放松。”[6]由于我国人口多，人均农业用地少，农业用地的后备资源也相当匮乏，因此，如何合理的配置有限的农业土地资源，解决中国人口所需要的庞大的粮食问题，自然成为各界讨论的焦点。按照美国世界观察研究所的观点，由于中国资源的短缺和技术进步潜力的有限性，1990至2030年，粮食短缺将达到3.78亿吨（按台湾的人均消费水平[7]。由于我国的国土资源面积一定，退耕还林必将导致耕地面积的大量减少，在退耕后、林业效益产生前，退耕农户的生存问题变得至关重要。一些地区出现的“复垦”现象，浪费了国家投入的生态资金也降低了土地的肥力，使退耕还林事倍功半。同时，由于耕地面积的大量减少，我国的粮食生产安全也日益受到重视。因此，在这种情况下，保护基本农田与退耕还林的矛盾日益凸显。
