（三）建立跨界水污染赔付及水资源保护补偿制度。水环境自然属性的显著特征是流动性和跨行政区界性，河流上下游的不同区域之间在资源、环境、经济、社会等方面也因此形成了既相互影响又相互制约的互动关系。跨区界水环境问题突出表现在以下两个方面：一个方面是上游地区水污染严重，对下游地区构成威胁，甚至发生水污染事故，造成经济损失和生态破坏，同时造成跨区界的水污染事故纠纷呈上升之势，由此诱发的两地群众械斗等社会不安定事件也时有发生。另一个方面是上游水资源地区为向下游地区输送达标的生活、生产用水，使当地经济发展受到制约，而下游地区却无偿受益。这种不公平现象是计划经济时期的后遗症，是“环境无价”、“资源廉价”观念在水环境资源方面的病态症。而且一般来说，水源地处在上游地区，也是经济欠发达地区，甚至是极度贫困地区，下游用水地区属于相对发达、富裕地区。由于对水质的严格要求，上游地区年年都要植树造林，进行生态保护，防止水土流失，甚至关停一些排放水污染物的企业，限制了一些虽然符合国家产业政策，但可能对水源地产生污染的发展项目，这样就使上游地区经济受到明显制约。以北京潮白河上游为例，潮白河流入北京密云水库，供首都北京用水，多年来上游地区只有为保护水源的付出与贡献，却没有得到应有的经济补偿而缺少资金，使水源保护难以为继，同时使上下游贫富差距越来越大。针对上述突出问题，不难看出，如果没有跨区界水污染赔付和水资源保护补偿法律制度和机制，就没有上下游的社会和谐，就没有上下游的共同发展，就没有上下游的共同保水护水的局面，而现行《水污染防治法》对这一问题的法律制度调控尚属空白。
水是人类赖以生存的消耗最多的自然资源，水资源短缺和水质污染已成为全人类共同关注的重大课题，也是影响人与自然和谐的突出问题。因此，笔者认为，从国家和全社会的利益出发，运用市场经济手段，协调流域上下游地区之间的经济利益关系，建立跨区界水污染赔付和水资源保护生态补偿机制，提高流域生态环境质量，促进经济社会全面、协调可持续发展，是现行《水污染防治法》亟待建立和完善的重要法律制度。笔者建议规定，对跨省界水体断面未达到水污染防治规划确定的水环境质量目标，并造成下游水污染损失的，上游省级人民政府应当对下游地区的直接经济损失给予补偿；对下游地区因特殊的水环境质量要求，需要上游地区限制开发建设或者采取专门的生态保护措施的，下游地区应当对上游地区给予适当补偿。
