综观世界各国的水环境立法与管理实践，全过程控制是通行的水环境管理的基本原则，排污许可证制度正是全过程控制的不可或缺的至关重要的基本法律制度。在建设项目的全过程控制管理体系中，对建设项目正式投入生产后的环境实施监管，是管理时段最长、管理情况最为复杂的动态管理阶段，也是从环境风险预防转入实际环境影响控制的实现环境管理终极目标的阶段。排污许可证正是为完成这一管理使命应运而生的。
我国自20世纪80年代中期以来。国内部分环保部门在与国外开展合作项目中，开始引入和探索排污许可证管理制度。1988年3月20日，国家环境保护局发布了《水污染物排放许可证管理暂行办法》，提出在浓度控制的基础上，通过排污申报登记，向企业发放水污染物排放许可证。1995年8月施行的《淮河流域水污染防治暂行条例》第14条、2000年3月施行的《水污染防治法实施细则》第10条规定，对向实行总量控制水体排放重点水污染物的单位实行排污许可制度。2001年7月，国家环境保护总局发布了《淮河和太湖流域排放重点水污染物许可证管理办法（试行）》。云南、辽宁、上海、江苏、福建等省市制定了有关排污许可证制度的地方性法规，广东、四川、重庆、山西、深圳、杭州等省市颁布了有关排污许可证的地方政府规章或者规范性文件。全国各地根据上述法律法规的规定，开展了一系列具有浓郁地方特色的排污许可证试点和探索工作。2004年年初，国家环保总局在唐山、沈阳、武汉、银川等城市开展了综合排污许可证试点。
因此，笔者建议对现行《水污染防治法》进行修改完善，弥补水环境管理基本法律制度的重大缺陷，实行全面排污许可证制度，规定在全国范围内对直接或者间接向水体排放污染物的企业事业单位实施排污许可证制度，禁止无排污许可证或者不按照排污许可证规定排放水污染物的行为。
