第二，刑事司法协助的适用范围比较狭窄。为了更好地促进各个缔约国在反腐败领域开展刑事司法协助活动，《联合国反腐败公约》不仅要求缔约国应当尽可能地在反腐败过程中提供最广泛的司法协助，而且对司法协助的具体事项作出了非常宽泛的规定。而根据《人民检察院刑事诉讼规则》第440条和《公安机关办理刑事案件程序规定》第341条的规定，人民检察院和公安机关开展司法协助的范围主要包括犯罪情报信息的交流与合作、刑事方面的调查取证、送达刑事诉讼文书、通报刑事诉讼结果、移交物证、书证和视听资料、扣押、移交赃款、赃物等，而没有明确规定《联合国反腐败公约》第46条第3款所规定的某些事项，如追回资产，搜查，冻结，检查物品和场所，提供有关文件和记录的原件或者经核证的副本，为有关人员自愿在请求缔约国出庭提供方便，为取证目的而辨认或者追查犯罪所得、财产、工具或者其他物品等。根据《关于执行＜中华人民共和国刑事诉讼法＞若干问题的解释》第325条的规定，最高人民法院关于刑事司法协助适用范围的规定过于模糊，即“代为一定的诉讼行为”，缺乏详细的解释和可操作性。而在刑事司法协助的实践中，协助事项最多的是司法文书送达。另外，无论是《刑事诉讼法》，还是《公安机关办理刑事案件程序规定》、《人民检察院刑事诉讼规则》、《关于执行（中华人民共和国刑事诉讼法）若干问题的解释》，都没有对法人犯罪的司法协助问题作出明确的规定。而且，我国签署的双边司法协助条约也缺乏这方面的规定。
第三，国内法律与《联合国反腐败公约》规定的双方可罚性原则和禁止双重危险原则不相协调。根据《联合国反腐败公约》第46条的规定，在刑事司法协助活动中，缔约国应当遵守双方可罚性原则和禁止双重危险原则。而国内立法与这两项原则明显不相协调。一方面，我国刑法关于某些罪名的规定很难适用双方可罚性原则。正像有的学者所指出的那样，尽管我国1997年修订的刑法使我国刑法向国际化方向迈进了一大步，但仍有一些罪名具有较浓的中国特色味道，如“违法向关系人发放贷款罪”、“私分国有资产罪”、“私分罚没财物罪”等罪名的设定，很难为其他国家所理解，在国际刑事司法协助中也很难让其他国家以双重规则来审查判断，这势必会影响我国与其他国家就这些罪行顺利开展司法协助。[2]另一方面，我国不仅没有明确规定禁止双重危险原则，而且在实事求是、有错必纠思想的指导下，我国刑事诉讼法关于刑事再审程序的规定十分宽松，以至于司法实践中出现了再审无限、重复追诉和重复审判的现象。而且，根据《刑法》第10条的规定，凡在我国领域外犯罪，依照本法应当负刑事责任，虽然经过外国审判，仍然可以依照本法追究，但在外国已经受过刑事处罚的，可以免除或者减轻处罚。这显然有悖于禁止双重危险原则的基本精神。
