即便是诉讼中的认识活动，也不同于其他社会领域中的认识活动，除了必须遵循辩证唯物主义关于主观认识客观的规律原理，运用逻辑和经验的法则知识外，还要受到程序法律的规范，体现程序正义的理念。例如，在证据的收集上，司法人员必须严格按照法律要求，遵循法律程序。如果司法人员违反法律规定，采取刑讯逼供或以威胁、引诱、欺骗及其他非法方法收集证据，即使这些证据从内容上看能够起到证明案件真实情况的作用，由于其取证手段违法，也不能用来作为定案的根据。再如，虽然犯罪嫌疑人、被告人对自己是否实施了犯罪行为最清楚，犯罪嫌疑人、被告人如果能够如实陈述，将对查明案件事实真相有益。但是，为了保护犯罪嫌疑人、被告人利益，防止侦查人员滥用权力，杜绝或减少刑讯逼供，联合国人权公约和许多国家的法律授予犯罪嫌疑人、被告人沉默权，规定不得强迫犯罪嫌疑人、被告人自证其罪。这显然出于立法和司法中对法律价值的选择，而不是认识规律在起作用。
程序正义理论，还直接涉及到法官在认识案件客观事实中的作用问题。根据现代诉讼构造，法官作为裁判一方，应当与控诉和辩护双方保持等距离的关系，以维护其地位的中立与超然。在控审关系上，实行不告不理，即审判以合法有效的起诉为前提，审判事项受起诉范围限制。法院既不能自告自审，也不能不告而审。受制于这一现代诉讼原则，法官在审理中就不能随意扩大需要查明或认定的案件事实范围，而只能将法庭调查限制在控诉的范围之内。而且，法庭对案件事实进行审理的目的，不是发挥法官的主观能动性去探知未知的案件客观事实真相，而是从事实和证据的角度去审查诉讼各方的诉讼主张是否成立。以刑事诉讼为例，探求案件事实真相的认识活动主要是在侦查阶段完成的，在审查起诉阶段可以继续或作必要的补充，但到决定提起公诉时，公诉人员已经对案件事实形成了确定的主观结论，同时也宣告由侦查、检察人员共同进行的对案件客观事实的认识活动已告终结。审判人员法庭审理的任务，只是在控辩双方的平等对抗下，在关于示证、质证的严密程序下，通过对法庭上出示证据的审查判断，来评价侦检人员主观对案件客观事实的认识是否正确，认定控方关于被告人应当负刑事责任的主张在事实和法律上能否成立。检察一方能够举出充分证据并使审判人员确信被告人犯有被控罪行的，就判决被告人有罪，反之则判决被告人无罪。因此审判人员本身并不承担证明案件事实的任务。如果法官承担证明责任，就模糊了现代诉讼关于控诉与审判的分工，混淆了法官的职责，恶化了被告人的地位，实际取消了辩护的职能，而使审判模式回到过去那种侦审不分、控审不分、侦控审三位一体合力追究犯罪的纠问式诉讼构造中去。
