五、一审程序。有如下重要修改：第一，扩大简易程序的适用范围。对于基层法院审理的案件，如果事实清楚、证据充分，被告人承认自己所犯罪行，对起诉书指控的犯罪事实和适用简易程序没有异议的，都可以适用简易程序。第二，改革证人出庭作证制度。证人证言对案件定罪量刑有重大影响，并且控辩双方有异议的，或者法院认为证人有必要出庭作证的，证人应当出庭作证；对于无正当理由拒绝出庭的可以强制出庭，但配偶、父母、子女除外；证人没有正当理由逃避出庭或者出庭后拒绝作证，情节严重的可以处以10日以下的拘留。第三，完善鉴定人出庭作证制度。鉴定人依法应当出庭而拒不出庭作证的，鉴定意见不得作为定案根据。第四，建立专家证人制度。控辩双方可以申请法庭通知有关专门知识的人作为证人出庭就鉴定人作出的鉴定意见提出意见。第五，完善审限制度。对于重大、复杂、疑难的公诉案件，在一般审理期限的基础上，还可延长两个月。上述规定显然有助于实现审判公正，提高审判效率，值得肯定，建立专家证人制度是更是难得的创新。但是对于近亲属可以不强制到庭的规定与国际通行的亲属拒绝作证权相距甚远，颇有“犹抱琵琶半遮面”之感。
六、二审程序。有如下重要修改：第一，明确规定二审开庭审理的情形和审理期限。应当开庭的案件包括：被告人、自诉人及其法定代理人对一审判决认定的事实、证据提出异议，二审法院认为可能影响定罪量刑的上诉案件；被告人被判处死刑的上诉案件；检察院抗诉的案件；二审法院认为应当开庭审理的其他案件。开庭审理的案件应在二个月内审结。第二，改革发回重审制度。对于事实不清证据不足的案件发回重审后，被告人提出上诉或者检察院提出抗诉，二审法院仍然认为事实不清证据不足的，应当依法作出判决。应当说，此次修正对二审程序的改革力度不大，多数案件二审是否应当开庭完全取决于法院，对被告方的要求没有予以考虑，这种修改似需细思量。通过发回重审变相上诉加刑的通病也未得到有效解决。
七、死刑复核程序。有如下重要修改：第一，应当讯问被告人。第二，应当听取辩护人的意见。第三，最高人民检察院可以向最高人民法院提出意见。这三条规定使死刑复核程序从行政化的内部复核程序走向适度诉讼化的程序，有利于实现权利保障和司法公正。
八、执行程序。有如下重要修改：第一，规定对于被判处有期徒刑的罪犯，在被交付执行刑罚前，剩余刑期在三个月以下的，由看守所代为执行。第二，严格暂予监外执行的决定和批准程序。第三，规定社区矫正制度。对于被判处管制、宣告缓刑、假释或者暂予监外执行的罪犯，实行社区矫正，由社区矫正机构负责执行。实践中社区矫正机构是由司法行政部门主管的，对此立法最好应当予以明确。
