二、证据。有以下重要修改：第一，完善证据的概念和种类。规定可以用于证明案件事实的材料都是证据；将“鉴定结论”改为“鉴定意见”；增加电子数据等证据类型。第二，确立非法证据排除规则。规定通过刑讯、体罚、虐待等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述应当排除；违反法律规定收集的严重影响司法公正的物证、书证也应当排除；明确规定非法证据排除的阶段、程序、证明责任和证明标准等。第三，规定不得强迫任何人证实自己有罪，并且对与此相关的第九十三条既保留“应当如实回答”的规定，又增加规定侦查人员在讯问时应当告知犯罪嫌疑人如实供述自己罪行可以从宽处理的法律规定。第四，规定举证责任分配。公诉案件中被告人有罪的举证责任由公诉机关承担，自诉案件中被告人有罪的举证责任由自诉人承担。第五，解释“证据确实、充分”的证明标准。将其具体规定为：定罪量刑的事实都有证据证明；据以定案的证据均经法定程序查证属实；综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。第六，建立证人保护制度和证人补偿制度。以上对证据制度的修改有一些亮点，特别是对非法证据排除的规定。但是也存在不足，如关于“应当如实回答”的规定，与不得强迫任何人证实自己有罪有直接冲突；对“排除合理怀疑”解读和应用也将成为理论上和实践中的难题。
三、强制措施。有以下重要修改：第一，完善监视居住制度。规定了区别于取保候审的作为一种独立强制措施的适用条件和执行场所；增加了对指定居住的权利保障；对被监视居住人可以采取电子监控等监视方法。第二，完善逮捕制度。对逮捕条件中“社会危害性”具体列举了可能实施新的犯罪等五种情形以及规定了可能判处十年有期徒刑以上刑罚等三种应当逮捕的情形；规定检察院在审查批准逮捕时需要讯问犯罪嫌疑人和听取辩护人的意见；逮捕后，检察院还应对羁押的必要性进行审查。上述二项强制措施的完善有利于被监视居住人和被逮捕人的人权保障。但是，我国高逮捕率现状难以因上述修改而明显改观。
四、侦查程序。有以下重要修改：第一，规定讯问录音录像制度。对于可能判处无期徒刑或者死刑的，应当全程录音或者录像。第二，规定拘留后二十四小时内应当将被拘留人送看守所羁押，讯问必须在看守所进行。第三，规定公安机关对于危害国家安全等严重犯罪案件可以使用技术侦查措施、秘密侦查、控制下交付等特殊侦查手段；检察院对于重大的贪污、贿赂案件以及利用职权实施的严重侵犯公民人身权利的重大犯罪案件可以使用技术侦查措施；对上述侦查手段的适用期限、审批手续、侦查机关的保密义务以及可以作为证据使用等内容作了规定。以上规定较好地实现了惩罚犯罪和保障人权的平衡。但是，全程录音或者录像的案件范围似应适当扩大；对于被非法特殊侦查的公民的救济手段应当加以规定。
