四、检察体系自我改革
除了前述刑事诉讼制度的修正及变迁，直接影响了检察官的职权之外，这十数年来由基层检察官所带动的检察官改革运动，也实质强化了检察官职权行使的独立性，这些改革运动，事实上也牵引着上述刑事司法变迁的节奏，彼此互为因果。
（一）健全检察人事制度，确保检察职权的独立行使。1998年5月16日，一群基层检察官借着在新竹参加北区一、二审检察官业务座谈会的机会，对外发表声明，正式筹组“检察官改革协会”，诉求确立检察官司法官属性及推动检察人事民主化，一连串改革诉求启动了检察体系基层改革运动。由于检察官改革协会以接近社会运动的方式，结合民间司改会、法官协会及其他相关改革团体，有计划的推动各项改革主张，促使“法务部”陆续订颁了“检察一体制度透明化实施方案”、[9]人事权局部下放、扩大基层参与、[10]建立检察长评鉴制度等，实质改变了检察组织的体制。这20年来，在检察人事的透明化及制度化方面，的确有相当程度的进步。
（二）推动建立“检察总长”任命新制。检察官改革协会持续其一贯的确保检察权独立行使的主张，结合民间司改团体致力游说“国会”，经立法委员提出“法院组织法”修正案，并与“法务部”多次协商获得共识后，终在2006年1月13日通过了检察制度实施一世纪以来最具指标性的改革法案—“法院组织法”修正案，改变了一百年来“检察总长”任命的方式，将“检察总长”的任命由原来的“总统”直接任命改为由“总统”提名，经“立法院”同意后任命，任期4年，不得连任。让未来的“检察总长”更具超然独立的性格，确保其得以不受政治或其他势力的影响，中立地行使职权。
（三）统合战力全力打击重大犯罪。此次“法院组织法”另一重要修正为新设第63条之1规定，在“最高法院检察署”设“特别侦查组”，专办下列案件：1．涉及“总统”、“副总统”、“五院院长”、“部会首长”或上将阶级军职人员之贪渎案件。2．选务机关、政党或候选人于“总统”、“副总统”或立法委员选举时，涉嫌台湾地区性舞弊事件或妨害选举之案件。3.特殊重大贪渎、经济犯罪、危害社会秩序，经“最高法院检察署检察总长”指定之案件。此一规定之目的，意在藉由特别侦查组的设置，搭配“检察总长”任命方式的改变，建立一个性质上接近“独立检察官”制的组织，以确保检察官能不惧权势、不受外部干预、集中资源独立行使检察职权，有效打击高官权贵的贪腐行为。
