（二）检察官失去侦查中羁押决定权后，司法改革的声浪并未停歇，民间司法改革基金会促使“司法院”于1999年7月召开司法改革会议。[2]当时“司法院”、“法务部”对刑事诉讼制度改革的路线及策略歧异颇大，在讨论过程中引起社会广泛关切司法改革议题，结果会中决议刑事诉讼制度朝“改良式当事人进行主义”修正，最具体的结论是“检察官应该到庭负举证责任，并实施交互诘问”，检察官“去法官化”朝“当事人化”方向推移，检察体系对这种检察官职权及角色的大转变或有不同看法，但也因为大势之所趋而不得不调整方向。
（三）2000年岛内政治情势实变，5月20日第一次政党轮替“新政府”上台，不到几天，即订颁“扫除黑金行动方案”，随后立即于同年6月1日在台湾地区高等法院检察署设立“查缉黑金行动中心”，并在各高分检设立“特别侦查组”，专办重大黑金案件。[3]之后，因为检察官对“立法院”立法委员个人宿舍及对《中时晚报》记者办公室实施搜索，引发检察官滥行搜索的争议，[4]加上媒体的支持以及政治压力的推波助澜，终使“立法院”主动提案，在2001年1月12日通过“刑事诉讼法”修正案，除紧急情况之外，将侦查中检察官签发搜索票的权力改由法官行使，检察官继羁押权之后，又失掉了侦查中最有力的武器—搜索权，对侦查的效能造成严重冲击。
（四）接着，“司法院”强力运作立法委员提出“刑事诉讼法”第161、 163条修正案，经过院部激烈的对抗与折冲，最后在搭配缓起诉处分制度的配套条文下，于2002年2月8日通过施行“刑事诉讼法”修正案，确立了法院调查证据由“职权进行”改为“当事人进行”的原则。[5]但也由于缓起诉制度的引进，让检察官的裁量权增加，在侦查中一定程度扮演法官角色，替代法官行使刑罚权，使检察官被限缩的职权在此又得到不同形式的伸展，另一方面检察官藉由缓起诉制度来筛检起诉案件，控制审判入口的机能。
（五）检察官若不正式全面走入法庭，无法要求其对起诉事实积极举证，“司法院”接着即依据司法改革会议“检察官应到庭积极举证”的共识，提出“刑事诉讼法”证据章部分条文修正案，于2003年9月1日公布施行，大幅修订刑事证据章，加重检察官的举证责任，引进传闻法则，减弱检警侦查中笔录之证据能力，强迫检察官走入法庭举证，并实施交互洁问，改变将近一世纪检察官在法庭的角色。
