按照渔业权属于水权的观点，水权从水资源所有权中派生出来，那么，渔业权自然系分离水资源所有权的部分权能而形成的他物权，水资源所有权为其母权。但是笔者坚持渔业权不同于水权的见解，意识到渔业权多了一个渔业因素，关注水域胜过水量及水所有权的移转。这个差别是否影响到确定渔业权的母权呢?尤其比照矿业权由矿产资源所有权中派生而出的情况，这种疑虑就不是空穴来风。在矿业权的情况下存在着如下结构：土地——矿产资源，土地所有权——矿产资源所有权——矿业权。类似地，在渔业权场合存在着水域(包含海域，下同)——渔业资源，水域所有权(包含《海域使用管理法》规定的海域所有权。为了行文的方便，笔者根据上下文的需要，有时采用水域所有权的提法，有时使用海域所有权的称谓)——渔业资源所有权——渔业权。可谓矿产资源之于土地资源，犹如渔业资源之于水域；矿业权之于矿产资源，犹如渔业权之于渔业资源。按照类比的方法，既然矿业权的客体不是土地，而是特定矿区或工作区内的地下土壤与其赋存的矿产资源，矿业权的母权是矿产资源所有权；那么渔业权的客体也就不是水域，而是特定水域与其中的渔业资源，渔业权的母权是渔业资源所有权。
但这样一来，会遇到以下麻烦，难以妥善处理：(1)在养殖权的情况下，一般来说，权利人自己放养水生动植物，不涉及渔业资源，有时还需要捕尽野生鱼类，以防止自己放养的水生动植物被野生鱼类吃掉。既然于此场合渔业资源所有权不存在，那么养殖权当然不会从渔业资源所有权中派生出来。此其一。养殖权的目的有两个，其直接目的在于利用特定的水域，终极目的在于使所养殖的动植物生存、成长，并保有这些水生动植物的所有权。这类似于水力水权的目的，其直接目的在于使用水流，终极目的在于发电，并保有电力的所有权。我们没有因为发电并保有电力的所有权这一终极目的而把电的所有权作为水力水权产生的母权，同理，也不应该把渔业资源所有权作为渔业权派生的母权。此其二。养殖权也不会从放养的水生动植物所有权派生出来，因为不但养殖权先于权利人放养的水生动植物的所有权而产生，而且于此场合的水生动植物及其所有权必须依赖于养殖权才归属于养殖权人；没有养殖权，水生动植物会成为水域的组成部分，归属于水域所有权人。养殖权未分离放养的水生动植物所有权中的什么权能，它分离的是水域所有权中的部分权能，故它系从水域所有权派生出来。此其三。(2)鱼类大多游动无居，在内水，称渔业资源归特定的国家所有或者特定的土地所有权人所有，假如法律如此设计，尽管其缺点不少，但可勉强接受。当然，我国现行法没有规定独立于水域所有权的渔业资源所有权，而是将渔业资源作为水资源/水域的组成部分，成为水资源所有权/水域所有权的客体的组成部分。在海域就更是如此。海域中的鱼类分为定居种、非定居种、溯河产卵种群和高度洄游种群，沿海国对前三种鱼类的利用管理享有专属权或者优先权，至于高度洄游种群的利用则由国际渔业组织加以规范。[3]其中，诸如高度洄游种群等，难说归特定国家所有，若按共同所有，可能解释起来更顺畅些。(当然，如果一定要按照所有权的逻辑思考，可以基于水域及其所有权来确定包括高度洄游种群等在内的渔业资源的归属，即因渔业资源属于特定水域的组成部分，故包括高度洄游种群等在内的渔业资源所处的水域归谁所有，就可以说这些渔业资源就归谁所有)而捕捞权属于国内法上的权利，所以，在公海海域和在他国海域从事捕捞作业的情况下，若认为捕捞权从渔业资源所有权中派生出来，于理不通，于法无据。在只承认近海渔业存在渔业权或者沿岸渔业存在渔业权的立法例上，不存在这个困扰，但在我国则不如此简单。
