陪审团制度尽管拥有上述优点，但由于社会发展与司法体制的不协调，以及司法体制内部的问题等，它也暴露出一些不足。
第一，陪审团成员遴选存在瑕疵。虽然在陪审员法和刑事诉讼法中都规定了陪审员的遴选规则，但是仍然有不少地区官员没有遵守这些规则，未在选民名单中进行随机抽选，而是按照前苏联时期人民陪审员的产生方式选出，大多是要求地方各个机构推荐人选。这样就使陪审员的产生失去了随机性，进而导致其容易丧失公正性和司法中立性。这实际上是由于对法律执行不力造成的。此外，因为俄罗斯这10余年来经济处于复苏之中，没有足够的经费支付陪审员的遴选工作和陪审员的报酬，甚至连法官也出现了外出兼职的情况，当然这种情况正在渐渐好转。
第二，陪审团审理案件时，对案件事实认定不清，存在纵容罪犯之嫌。俄罗斯实行刑事陪审制度以来，出现了不少陪审法庭“纵容罪犯”的现象，这些被释放的罪犯回到社会上重新犯罪，还有一些本来没有疑问的恶性案件，但由于陪审团没有能够了解和掌握足够的事实材料，因而竟然出乎意料地对被告人作出无罪判决。关于陪审团无罪判决的问题，大部分责难表现在对恐怖主义、有组织犯罪集团相关案件的审理中。[11]正因为如此，俄罗斯国内对陪审团制度存在很多质疑的声音。实际上，除了陪审团成员缺乏足够法律知识以外，主要原因是刑事诉讼法本身的缺陷以及司法机关工作不到位造成的。根据刑事诉讼法的规定，陪审团成员直接从当事人那里获得信息的渠道并不通畅，只能间接地通过主席团提问。另外公诉方提供的材料存在瑕疵，从而也容易导致陪审团判断不当。正如有的学者所说：“陪审团对案件的实质不是很清楚，而那些摆在他们面前充满大量繁琐多余信息的问题很难被领会，陪审团往往根据感觉（感情）作出判决。这实际上是公诉方的失误，因为他们应该提供给陪审团足够的研究案件的全部事实材料。相反的，律师的发言是站在有利于被告人的立场上，并从被告人的简历中举出那些令人感动的例子，从而把陪审团争取到自己一边。”[12]
第三，陪审团承受来自各方面的压力，致使其履行职责的效果大打折扣。法律对陪审员人身安全没有提供强有力的保护，陪审员在没有安全感的情况下很容易“纵容罪犯”。尽管法律中存在一些保护陪审团安全的条款，但是俄罗斯媒体经常定期向公民展示这样的情节：主审法官遭到伤害甚至杀害，因此可以合乎逻辑地认为，这样的事情也同样会发生在陪审团成员身上。陪审团也可能经受贿赂等压力。甚至即使没有贿赂，但如果被告人的行为可能会被判处死刑，那么也会使陪审团成员的心理变得极其复杂，尤其是当陪审员身为信徒之时，因为在这个情况下，他的决定可能会夺走另一个人的生命。陪审员为了减轻自己内心的不安，往往会作出宽大的决定，因此陪审法庭成为适用无罪推定原则最显著的法庭。[13]
第四，刑事陪审团制度的实施增加了社会和司法成本，降低了审判效率。俄罗斯法律为陪审员的遴选规定了详细复杂的程序。这个遴选过程不仅是司法机关的工作，也是各级地方行政主体的工作之一。俄罗斯联邦行政主体最高行政权力机关每4年编制一次预备陪审员总名单和备选名单。参加俄罗斯联邦最高法院刑事案件审理的预备陪审员由俄罗斯联邦最高法院行政部门从联邦各主体为法院编制的预备陪审员总名单和备选名单中随机遴选。因此该制度可以说是动员了社会和司法双重力量，增加了社会和司法的成本。另外，从陪审法庭整个审理过程来看，存在很多让陪审员回避、重新评议和判决的事由，导致刑事案件审理效率下降。陪审员对审判工作了解不够，直接影响了审判效率。
