“分工负责，互相配合，互相制约”原则是一个完整的逻辑和规范体系，“分工负责”体现的是它们的宪法地位，表明地位的独立性和权力的有限性；“互相配合”体现的是工作程序上的衔接关系；“互相制约”是三机关相互关系的核心价值要求。“分工负责，互相配合，互相制约”不是一种内部循环结构，也不是三机关权力的平分秋色，而是突出三机关各自职权的独特性，体现出两种服从关系：在价值理念上，效率服从于公平，配合服从于制约；在工作程序上，侦查服从于起诉，起诉服从于审判。
改善刑事司法结构、优化司法职权配置，应着力改变公安机关过于强大的“超职权主义”，建立以法院为核心、保障人权的“法检公”司法体制。在新中国宪法发展史上，法院的地位长期弱于公安机关，这既不符合理论逻辑，也不符合党的政策，更不符合宪法的规定。法院是国家审判机关，在保障人权方面具有不可替代的地位。构建符合宪政理念的“法检公”关系，强化法院的宪法地位，强化司法对侦查行为的审查，具有现实的必要性和紧迫性。
法院、检察院和公安机关的关系是我国宪政体制中的基本问题，涉及到司法职权配置、司法程序运行和司法独立等基本制度，对于维护人民根本权益、保障社会和谐具有重要意义。宪法第135条对三机关关系作出明确规范，既是对新中国成立后长期实践经验的总结，也是对宪政发展规律的客观反映。当前，司法体制改革的目标是规范司法行为，建设公正高效权威的社会主义司法制度，其核心在于调整司法职权配置，加强权力监督制约，促进司法独立。司法改革应当在宪法框架内进行，解决司法的体制性、机制性、保障性障碍，并在宪法这一共同价值观基础上稳步推进，以合宪、依法的方式解决司法体制中的问题。
