如上所述，安理会的决议对所有国家和国际组织，包括对国际刑事法院具有约束力。虽然国际刑事法院是独立于联合国的国际机构，但是在《罗马规约》第13条规定的由安理会向国际刑事法院提交情势的情况下，国际刑事法院也毫无例外地应遵守安理会决议的各项内容。令人担心的是，在安理会首次提交情势的决议中就对国际刑事法院的管辖权做出了限制，使《罗马规约》的完整性受到了极大的影响并创造了一个先例。
在正常情况下，《罗马规约》只对所有缔约国有效，而在安理会提交情势的情况下，《罗马规约》毫无疑问应对所有国家及其国民适用。然而，由于决议第6段的规定，在苏丹情势中，《罗马规约》将不对“没有加入《国际刑事法院罗马规约》的苏丹境外派遣国的国民、现任或前任官员或人员因安理会或非洲联盟在苏丹建立或授权的行动而产生的或与其相关的所有被控行为或不行为”具有管辖权，而只对不在第6段限定内的非缔约国（即苏丹）国民的犯罪行为行使管辖权。这是一种明显的对非缔约国国民实行双重标准的做法。试想，犯有同样罪行的人员，一部分可以因安理会决议的规定而免于国际刑事法院的管辖，而享有在本国受到审判的特权；而另一部分人则必须面对国际刑事法院的起诉，而不能在本国受审。这样，《规约》的同一条规定，就因安理会的这段决议而不得不因人或因国而实施不同标准，致使《罗马规约》的效力和完整性大打折扣。
从《罗马规约》的规定看，只有第16条规定安理会可以限制国际刑事法院管辖权。该条规定：“安理会可根据《联合国宪章》第七章通过决议，向本法院提出要求，在其后12个月内，本法院不得根据本规约开始或进行调查或起诉；安理会可以根据同样条件延长该项请求。”自从《罗马规约》生效以来，安理会已经在两个决议中使用了这个权利。一个是安理会第1422【2002】号决议。该决议规定，“根据《罗马规约》第16条的规定，要求国际刑事法院，如出现涉及参与联合国所设立或授权的行动、但不是《罗马规约》缔约国的国家目前或以前的官员或人员有关上述行动的行为或不行为的案件，在2002年7月 1日起的12个月期间内不对任何此类案件开始或着手进行调查或起诉，除非安理会另有决定。”[33]其二是第1487【2003】号决议。该决议根据相同理由对上述要求又延长了12个月。[34]到该决议请求的有效期届满时，即到2004年6月30日时，安理会没有继续延长该要求。也就是说，从原则上讲，国际刑事法院可以开始对涉及参与联合国所设立或授权的行动、但不是《罗马规约》缔约国的国家目前或以前的官员或人员有关上述行动的行为或不行为的案件进行调查或起诉了。国际刑事法院行使管辖权的条件应从2004年7月1日起就已全部满足了。
然而，决议第6段使用了派遣国专属管辖权的措辞，不仅意味着国际刑事法院不能对派遣国的国民进行司法管辖，而且排除了该派遣国以外的任何国家对其行使管辖权的可能性。此外，决议第6段中并没有规定任何时间期限，这意味着国际刑事法院和所有其他国家管辖权的行使不是被暂时中止，而且被永远的禁止了。虽然，安理会决议前言第2段中提到了《规约》第16条规定并将该条作为该决议的法律基础，但是，第6段的规定显然违反了《规约》第16条的规定，因为《规约》第16条规定，安理会根据第七章作出的决议只能要求国际刑事法院将已开始或正在进行的调查推迟12个月。可见，决议第6段完全违反了《规约》中的补充性原则。因为根据该原则，只有当国家司法系统确实不能够或不愿意对《规约》管辖下的罪行实施调查或起诉的情况下，国际刑事法院才可对其实行管辖。这一禁止还违背了普遍管辖原则，该原则授予所有国家对国际社会关注的最严重的罪行行使管辖权。许多安理会的成员国代表都对该段提出了批评与质疑。菲律宾代表指出：“该决议执行部分第6段正在扼杀国际刑事法院的可信性——也许是轻柔地扼杀，但确实是在扼杀其可信性。我们可能要问，一旦国际刑事法院的管辖权增强了，安理会是否根据《罗马规约》有特权规定限制国际刑事法院的管辖权。执行部分第6段微妙地将国际刑事法院的独立性纳入安理会怪异多变的政治和外交行为。”[35]阿根廷代表指出：“我们认为，《罗马规约》的文字和精神必须得到遵守，其规定的平衡必须得到维持，并考虑到各国的合理关切，而绝不会削弱法院的权力。因此，我们感到遗憾的是不得不通过一个确定一种法院司法管辖例外情况的案文。我们希望这不会成为标准的做法。”[36]
当然，这里还将涉及联合国安理会的决议和《罗马规约》哪一个的效力更大的问题，也就是说，是以联合国安理会的决议还是以《罗马规约》为准据的问题。《联合国宪章》第103条规定：“联合国成员国在本宪章下之义务与其依任何其他国际协定所负之义务有冲突时，其在本宪章下之义务应居优先。”显然，联合国安理会的决议的效力要大于依任何其他国际协定所负之义务。也就是说，既是联合国的成员国，又是《罗马规约》缔约国的国家，在《联合国宪章》下的义务与《罗马规约》下的义务发生冲突时，当然要履行在《联合国宪章》下的义务了。
