这种对公共产品理论不恰当的使用——即认为“公共产品用地就应该通过划拨无偿供给土地资源”的理论，既模糊了人们对于土地划拨制度计划经济属性的认识，也无助于预防和解决其所带来的如下危害：
（1）土地资源配置效益差，利用效率低下。事实证明，无论是什么样的主体，政府机关也好，公立高校也罢，在土地划拨制度下，他们既没有压力，也没有动力去节省和节约利用土地资源。于是，多占少用、早占晚用、优地劣用、占而不用甚至乱占滥用的现象层出不穷。比如娄底市2006年落成的政府新大楼（因有7栋大楼采用了酷似美国白宫的圆顶建筑，被戏称“白宫建筑群”）的主体建筑占地就达到247亩；同年建成的郑州市的惠济区政府办公楼则达到了占地530亩的规模，其中包括数百亩绿地，园林、假山、喷泉、湖波环绕其中。另外，因为高校可以通过划拨方式获得土地，所以各个高校的面积也是越来越大，比如吉林大学占地9330亩，中山大学占地9255亩，浙江大学占地6750亩（数据均来自各高校官方网站）等等。
（2）国有土地“单位化”，收益大量流失。国家作为国有土地的所有权人，本应当从土地出让中获得相应的收益，但由于土地划拨制度的存在，导致了相当一部分土地收益流入了用地单位手中，进而成为用地单位以地生财的渠道。比如燕山大学2007年就以每亩130万元的价格将划拨得来的土地卖给房地产开发商，而该大学4年前取得这块土地的价格仅为每亩6万元；2010年，浙江大学城市学院为了还债，以24.6亿的价格将划拨来的60亩土地卖给马来西亚“糖王”郭鹤年旗下的房地产开发公司进行商业地产开发。尽管1992年原国家土地管理局出台的《划拨土地使用权管理暂行办法》第6条和第27条规定，经市、县人民政府土地管理部门批准，公司、企业、其他经济组织和个人可以在补交土地出让金之后，可以转让、出租或者抵押划拨土地，土地使用权出让金则由市、县人民政府土地管理部门代表政府收取和管理。但实际上这一制度经常不被执行和落实。比如上述提到的浙江大学城市学院的24.6亿卖地款“经由杭州市财政统筹安排，拨给浙江大学17.6亿元，杭州市政府获得7亿元。” 而且，需要注意的是，无论浙江大学，还是其城市学院，都不属于《划拨土地使用权管理暂行办法》所规定的可以转让土地的主体，但其依然从事了这些行为。
