1.综合性的经济职能管理部门与行业性的经济职能管理部门，在代表国家所有权的资格方面，存在重复代表与交叉代表的情形。谁都可以作为国家所有权的代表者，但谁都不可能是国家所有权的完整代表者。比如“两权分离”的实践中，在订立承包、租赁经营合同时，发包方本应是国家所有权的集中与完整代表者———政府，但是法律规定的却是：“人民政府指定的部门”或“国家授权企业所在地人民政府委托的部门”[1]来代表，如财政部门、国有资产管理部门、行业主管部门等。
2.政府内部的每个经济职能部门都享有本行业的资源调拨与投资权，是本行业实质意义上的国有资产所有权人。这些所有权人存在的前提即是政府已经按照财产的不同属性而在经济职能部门之间分解了国家所有权。这种分解并不是民事财产权利权能的内部分解，而是因行政结构关系和行政意志而形成的国家所有权的内部分解。不同经济职能部门被分解的国家所有权形态，各自按照行政隶属关系的纵向轨道进行流动，排斥和隔断了商品经济规律所要求的横向财产权流动，从而形成“条条分割”的不合理经济格局。
二、主体分离：行政权与国家所有权关系改善的必由之路
行政权与国家所有权的一体结合，使得国有产权管理职能与政府行政管理职能不分，国家所有权呈现权力化的趋向，并且借用行政权限结构系统来实现所有权的流转，导致所有权权能的畸变与异化；同时，两权的一体结合也使政府的经济行政行为受到所有权所代表的民事权利观念的干扰，致使政府经济职权行为走向合同化，不利于建立和形成科学的宏观经济调整体系，行政权与国家所有权从政府机体上的结合关系走向分离，是商品经济发展的客观要求，产权改革也必须顺应和促成行政权与国家所有权的新一轮回的“两权分离”。
行政权与国家所有权的分离是指行政权与国家所有权同时集中于一体的权能结构的分解，实现这种权能分解，只能采取主体分离的方式，通过塑造新的产权主体代表行使国家所有权，政府仍然作为当然的行政权主体，但不再担负代表行使国家所有权的使命，从而实现行政权与国家所有权由原来的一体化结构过渡到由两个权能不同的主体来分别实现行政权与国家所有权的产权新格局。行政权与国家所有权的分离必然是国家权力主体与民事财产权利主体在法律资格上的分离。分离不能停留于政府内部权能的分解，也不能停留于在政府内部建立两个职能不同的行政机关来分别实现两种权能，而必须是两种权力形态从权能结构到组织形式、法律资格的完全分离，由于行政权与国家所有权的长期一体结合，权能的相互串借已极为平常，要避免这种相互串借，只有使行政权与所有权的运行系统分离开来，而要分离这两个系统，只有求助于两个相对分离的主体，这也就产生了行政权与国家所有权进行主体分离的必然要求。
怎样实现行政权与国家所有权的分离，认识与实践有多种不同的方式，但是都不是对行政权与所有权从法律资格上进行严格分离，因此存在着相应的局限性，下面我们分析其中的几种主要作法，同时也从另一侧面证明行政权与国家所有权应当进行主体分离的合理性。
