(三)协调配合机制尚需完善。处理此类案件，大部分是通过传统的、刚性的刑事司法程序，导致容易出现“案结事不了”的局面，即案件办完了，起诉了，判决了，但是被害人的损失仍然无法挽回，涉案的企业还可能从此一蹶不振，从而引起大量的群众信访，结果很可能是司法机关辛苦办案，而被告人、被害人及其他当事人都不满意，最终影响社会的和谐稳定。因此，需要进一步加强司法机关和涉案地政府的沟通协调，建立健全相应的协调配合工作机制。
(四)涉案款物的处理难度大。除已经挥霍和被告人转移、隐匿外，涉案赃款的分布是多种多样的，处理难度很大，也成为被害人最为关注的问题。一些案件中，赃款用于经营活动，全部撤回可能损失巨大，另一些案件中，赃款用于支付被害人的前期高息，被害人也是前期获得利益一方，一些人继续受到欺骗导致损失惨重，另一些则获得收益后并未继续受骗，这些获得的利益如何处理、是否追缴、处理效果如何等需要明确。还有一些案件中，赃款用于支付层级的代理费，对于一些没有被追究刑事责任的代理人如何追缴代理费也是问题。此外，还有一些案件中，赃款赃物涉及多方利益关系，如何处理也是一个亟须解决的问题。
(五)权利告知和后续处理困难加剧。非法集资案件的被害人众多，确定具体的联系方式也有一定困难，告知权利和统计受害情况往往比较复杂。一方面受制于办案期限，无法等待确定所有被害人后才处理案件，导致一部分人的权益无法得到保护。另一方面，案件处理完毕后，还存在继续报案情况，检察机关只能进行补充起诉，对被告人经常增罪合并处罚，也不利于保护被告人的合法权益等。
三、对非法集资案件处理的对策和建议
(一)强化大局意识和责任意识，注重法律效果和社会效果的统一。办理非法集资案件，必须克服单纯办案、就案办案的思想，强化大局意识和刑事政策意识，区别不同类型的经济犯罪案件采取不同的政策立场。特别要提高政治敏感性，在受案之初，就要准确认定此类案件的特殊性和可能带来的社会后果。一方面，对于严重破坏社会主义市场秩序的犯罪行为，应坚持从严打击的精神，以保护健康的市场秩序，维护国家和公众的利益。另一方面，要时刻牢记维护改革发展稳定大局的使命，充分考虑法律效果与社会效果的统一。在办理案件的每个环节，都要考虑如何挽回被害人的损失，如何化解不稳定因素，如何有利于合法经营的企业健康发展，如何从根本上维护社会和谐稳定。要把挽回案件所造成的损失作为执法的一项重要标准，通过赔偿被害人的损失来平息不安定因素，化解社会矛盾。
