3.助推城市房价虚高。现行土地供给的垄断机制，使城市居民只能购买房地产商开发的数量有限的房屋，在巨大需求与有限供给之间形成巨大的落差，形成了城市房价居高不下的现实格局。从而产生一种中国特色的怪现象：一方面，城市居民深受高房价之苦，许多人毕其一生求一房而不得；另一方面，大量农村房屋空置、无人居住和维护，在风吹雨淋中逐渐破败，而广大城市居民只能望房兴叹。
4.阻碍城乡交流，加剧城乡二元对立。随着农村地区基础设施、尤其是交通的改善，城乡之间物理上的联系已经十分便捷。城乡居民打破城市樊篱、混杂居住，对于发挥城市辐射作用、促进农村地区发展、彻底解决困扰我国多年的三农问题，具有十分积极的意义。然而，受制于高房价的城市居民尽管希望通过购买相对便宜的农村小产权房自励更生解决住房问题，却被现行小产权房流转制度强行阻隔，城乡之间双向交流变成乡村人口向城市的单向流动，使得城市成为只进不出的围城，而农村空心化现象却越来越严重。
5.使户籍制度改革流于形式。近年来，由于深刻认识到二元割裂的传统户籍制度阻碍了农村发展，我国各地纷纷采取措施进行改革，代之以城乡一体平等的新型户籍制度。然而，小产权房流转制度一味强调城乡居民的主体身份，使得户籍改革在住房配套制度上落不到实处，以致使许多地方的户籍改革徒有虚名。
6.阻碍农业产业升级。随着城市化进程的推进、许多农民迁徙至城市居住生活，一些地方农村空心化现象已十分严重，土地撂荒也早已是公开的秘密。这本是引进资金与技术、促进农业产业化升级的极好时机，然而现行小产权房流转制度使得集体经济组织之外的投资者即使愿意长期扎根农村，也不能获得住宅以致居无保障，极大的遏制了投资人投身农业的冲动。
那么，应该如何构建我国的小产权房流转制度？笔者认为，从长远来看，不问土地所有权性质，同地同权应是总体思路和发展方向，因为小产权房流转本就只是土地使用权问题，与土地所有权没有直接关系。但也应考虑到在当前情况下，小产权房处理已不是一个单纯法律问题，而“更多是一个政治问题”，[16]因此，小产权房流转制度改革进程应与社会保障推进程度相适应，充分考虑历史和现实的各种因素。笔者主张区分已建成的存量房与未建成房屋分开考虑。对历史存量房，由于小产权房的形成政府、房屋建造人、购房人都有一定责任，法律制度也不完善，故应以尊重事实、发挥物的效能为首要目标；对于未建成的房屋，应重在维护法的尊严、以土地利用总体规划为衡量标准，通过利益机制抑制违法冲动。
