从逻辑层面言之，小产权房流转问题可分如下情况：
1.违反土地利用总体规划，在耕地上建造的房屋。这些房屋对耕地造成直接威胁，[11]因此，不仅应禁止其流转，而且也不应承认其物权归属。但这本质上不是作为权利客体的物之流转问题，而是物权不成立、相应的处分权能不具备，因而也不能流转的问题。
2.本村农民在依法取得的宅基地上建造，或通过宅基地置换、整合在新的成片宅基地上建造的房屋。这些房屋建造在宅基地上，并不直接涉及耕地。决策者对这些房屋流转所担心的问题实质上是：由于农民在转让房屋之后居无定所，生存权可能受到威胁；农民在生存困难的情况下，势必重新申请或强占农地作为宅基地，从而危及耕地保护。
对上述问题，应作具体分析。农民在宅基地上的房屋主要有两种：一种是建造在宅基地上的单套住宅，一种是建造在宅基地上的多套住宅。相应的，农民出卖房屋也有两种模式：一是保留基本生活用房，将多余房屋转让；一是将房屋整体转让。就前一种模式而言，随之而来的农民生存问题、耕地侵犯问题都不存在。[12]就后一种模式而言，确有可能产生农民生存困难、危及耕地之风险，但几率非常低且明显被夸大：其一，近年来随着工业反哺农业战略的实施，我国农民已基本没什么税费负担，稍事劳作即能满足基本生活需求；其二，近年农村社会保障事业稳步推进，合作医疗、最低生活保障、养老保险从无到有逐步开展，基本不会产生农民生存无保障的问题；其三，农民也是理性的民事主体，其作出出卖房屋的决定也是基于理性的选择，政府对农民利益的强制保护并不会比农民自己更为高明，但所耗费的成本要高得多。在劳动用工环境日趋多样、城市化进程不断加剧的情况下，多数农民出卖住宅是因其认为这些房屋已丧失了继续保有的价值，或者是已经异地购房，或者是需要以卖房所得资金用于投资。
3.乡镇集体企业为解决职工居住问题，而在经过审批的集体建设用地上所建的房屋。这些房屋建造在建设用地上，且经过审批，其流转对耕地和农民生存权都不具有威胁。
4.在农村集体建设用地上，由乡镇政府或村委会单独或联合房地产企业开发建设的房屋。这类房屋建造在集体建设用地上，并不涉及耕地占用，其流转难以造成对耕地的侵犯。禁止其流转更多是出于对所诱发问题的担心：在其可以流转的情况下，如何防止出于逐利冲动而产生的违法开发，及地方组织在利益驱使下擅自将耕地转为建设用地？这实际上是政府管理失控、而非小产权房流转本身的问题。以牺牲物权人权益、抑制物的效能为代价解决政府管理失控问题，可谓开错了药方，既造成资源浪费又必定收效甚微。
