在有关的争议中，首当其冲的是对此案再审程序启动的争议。有人认为启动再审程序不合法，也有人认为启动再审程序合法。在我看来，从法哲学的角度看，无论云南省高级法院对此案的审理结果究竟如何，无论李昌奎是否会被判处死刑立即执行，云南高院都将陷入欠缺合法性的困窘境地中无法自拔——不是欠缺实质合法性就是欠缺形式合法性！
借用一句调侃的话来说：难以自拔的除了自己的牙，还有云南省高级法院！
在我看来，如果追究舆论汹涌而来的深刻的社会意识背景，我们首先应该看到的是，在各界舆论质疑此案合法性的舆论事件发生的当初，强烈质疑云南高院二审判决李昌奎死缓的合法性与正当性的舆论力量主要是站在实质合法性角度进行质疑的。
其次，我们还应该看到，现在有许多法律人反对该案的再审主要是站在形式合法性的基础之上提出自己的看法和意见的——这是这场争论最重要的一个场域！
关于合法性或者正当性的问题，是西方法律思想史发展中的一个根本问题。历来的思想家和法学家都在这个问题上做了精彩的论述，并且试图能够解决这一问题。但是这种种努力在某种程度上而言又都是有欠缺的。合法性（legitimacy） 或正当性、正统性，其意在实质合法性，强调实质意义的正当、合理及其道义基础，多诉诸自然之法或道德之法。但是，实质正当性往往是感性的、粗糙的或者是情绪性的，欠缺理性和程序的规制的实质正当性往往又是不科学的和不理智的。这就需要形式理性或者形式合法性对实质合法性进行补充或者弥补。
在很多的情况下，实质合法性与形式合法性是完全统一的、和谐共存的——例如，假如某人残酷的杀害了另外一个人，法官严格依照法律进行审判，判处罪犯死刑，这既是合乎实质合法性的，也是合乎形式合法性的——但是，一旦出现类似云南高院对李昌奎案的判决，我们固然可以从形式合法性的角度出发、出于维护司法权威的考虑支持这种判决，但是，这样的支持就会和实质合法性产生冲突！
这种冲突很具象地体现在主张两种合法性的人产生了“人以群分”的现象——坚持实质合法性的人们站在了云南高院的门外大声的辩论或者叫骂；而支持形式合法性的人们则站在了云南高院的门里进行着同样大声的辩论或者叫骂——在这种情况下，云南高院如果执意坚持支持哪一方都不能达到服众的社会效果。
窃以为，解决这一问题的最好的办法是：由云南高院在昭通的全体成年选民的身份证号码中进行摇号，随机抽取出100名成年选民组建“候选陪审团”，然后，采用“调查与淘汰机制”淘汰掉一部分候选陪审员，最后在开庭前组建十二人陪审团，组成正式陪审团参加再审，然后再由陪审团作出决议来决定李昌奎的生或者死——也只有这样，才能有效的弥补实质合法性与形式合法性之间的裂痕，而云南省高级法院也才能从这场风波和是非辩论中全身而退！这一摇号、候选、筛选的过程说起来复杂，但是实际操作起来并不复杂——有英美法系的现成操作流程做参考。
