（二）名誉权、隐私权与生育权、知情权、亲权的价值选择
有人认为，亲子鉴定涉及到女方和子女的名誉权、隐私权，当事人完全可以拒绝鉴定，并不能承担拒绝鉴定的不利后果。[13]
事实上，名誉权、隐私权，不仅仅涉及女方和子女，也涉及到男方。在婚生子女否认之诉中，主要涉及子女和女方的名誉权、隐私权；在非婚生子女认领之诉中，主要涉及男方的名誉权、隐私权。关于子女和男方（父亲）的名誉权、隐私权放后论述，这里主要将婚生子女否认之诉中的女方名誉权、隐私权与男方的生育权、知情权、亲权（不当抚养义务）进行价值比较和选择。
关于女方的名誉权、隐私权与男方的生育权、知情权、亲权（不当抚养义务）如何选择问题，需要弄清两个问题：一是亲子鉴定与女方的名誉权与隐私权的关系；二是在此基础上，我们再通过比较方法，考察女方的名誉权与隐私权，与男方的生育权、知情权、亲权（不当抚养义务）相比较到底孰轻孰重？
首先，应当明确，女方（妻子）的名誉权并不是或不会由亲子鉴定而损害。因为丈夫对子女血缘关系的怀疑和否定，女方的人格和名誉事实上已经受到损害，不论是否接受鉴定，其损害结果是一样。甚至在某些方面说，女方和子女不接受鉴定，疑虑不会消除，名誉损害还会大一些。如果通过鉴定，得出亲子关系的肯定结果时，反而洗清了妻子蒙受的冤枉，丈夫也如释重负。所以，鉴定与不鉴定本身，对女方的名誉根本不可能直接造成损害，其真正的损害是男方的怀疑及其要求鉴定的行为，而不是鉴定本身。由于鉴定与不鉴定本身并不直接损害女方的名誉。那么，剩下的就是鉴定是否对女方的隐私有损害。鉴定所涉及的女方的隐私问题，无非就是子女到底是谁的血缘而已。这与其说是女方的隐私，不如说是子女的隐私。对于女方来讲，其隐私，实际上就是她与谁发生婚外情。
现在，我们再看男方（丈夫）。对于丈夫来讲，如果不查明子女血缘的事实真相，他可能面临三大权利遭受侵害：一是生育权；二是知情权；三是亲权（承担不当抚养义务，使真正的父亲逃避抚养义务）。[14]
那么，我们再把女方的权利与男方的权利比较一下，到底孰轻孰重？应当如何取舍？就会一目了然。从上述分析看，对于女方来讲，鉴定与不鉴定，实际上只涉及到她与谁发生婚外情这一隐私权问题，但鉴定的结果，只是涉及到子女与男方（丈夫）是否存在血缘关系问题，而并不一定会暴露女方与谁发生婚外情问题。即使之后女方或子女在认领真实父亲时，暴露女方与谁发生婚外情，但这与男方的生育权、知情权、亲权等权利相比较，我们到底是要保护女方这种不诚信或不道德的婚外情隐私呢？还是应当保护男方的生育权、知情权、亲权和不当抚养所产生的财产权？答案应当是明确的。
（三）子女利益与父亲利益价值冲突的判断与选择
1、对最高人民法院批复如何理解
最高人民法院在《关于人民法院在审判工作中能否采用人类白细胞抗原作亲子鉴定问题的批复》（以下简称“批复”）中规定：“对要求作亲子关系鉴定的案件，应从保护妇女、儿童的合法权益，有利于增进团结和防止矛盾激化出发，区别情况，慎重对待．对于双方当事人同意作亲子鉴定的，一般应予准许；一方当事人要求作亲子鉴定的，或者子女已超过三周岁的，应视具体情况，从严掌握，对其中必须作亲子鉴定，也要做好当事人及有关人员的思想工作”。许多人都以依此为根据，认为亲子鉴定或推定，对保护妇女、儿童的合法权益不利，反对亲子鉴定或推定。我们认为，这是对批复的片面理解。
（1）怎样理解保护妇女、儿童的合法权益。何谓“从保护妇女、儿童利益出发”。我们理解，主要是看亲子鉴定或推定，到底是有利于保护妇女、儿童的合法权益，还是不利于保护妇女、儿童的合法权益。只要是对妇女、儿童的利益没有损害或损害不大，或者鉴定对妇女、儿童更为有利者，就应当做亲子鉴定。因而，并非一律不做亲子鉴定，就是保护妇女、儿童利益。如非婚生子女认领，如果被指认父亲否认自己与子女有血缘关系，并拒绝鉴定，对此应当尽量说服被指认父亲做亲子鉴定，如果经过必要的工作，仍拒绝做亲子鉴定的，也可以根据其他证据或法官心证，推定被指认父亲与子女有亲子关系。只有这样才有利于保护妇女、儿童利益。如果被指认父亲拒绝做亲子鉴定，而又没有其他否定亲子关系的充足证据，则不推定双方存在亲子关系，显然对妇女、儿童不利。而在被指认父亲拒绝鉴定的情况，推定被指认父亲与子女存在亲子关系，显然对妇女、儿童有利。
