然而，地方人民政府在事实上“代表”国家行使着对土地和矿产资源的国家所有权。在实际的矿产资源开发过程中，地方政府通过税费所获取的收益，往往无法弥补和解决采矿带来的环境污染破坏、生产生活条件恶化等问题。由此出现了一些地方采取以“谁出让登记、谁获得收益”来应对中央“谁所有、谁收益”的政策，将矿业权有偿出让，收益基本留在了地方。[12]有鉴于此，2006年，财政部、国土资源部等部门联合出台了关于探矿权采矿权价款由中央与地方之间二八分成的政策，以解决中央和地方在矿产资源收益分配上存在的分歧。[13]与此相似的是，在国有土地的收益分配过程中，中央与地方也经历了博弈的过程，最终在1998年修订《土地管理法》中确定“新增建设用地的土地有偿使用费，百分之三十上缴中央财政，百分之七十留给有关的地方政府”。[14]
基于上述认识，应当按照法定原则及时修订《土地管理法》、《矿产资源法》等法律，授予地方人民政府在非经营性国有财产领域代表国家行使所有权，并就其与中央政府的代表行使范围进行合理界分。
（二）国家所有权行使主体的多元原则
由于我国国有财产类型多样，功能不一，由此决定了代表国家行使国有财产所有权的主体不可能是单一的。易言之，代表国家行使国有财产所有权的主体应当多元化。从原理上看，《物权法》第45条第二款所确立的是以国务院为中心的国家所有权行使的多元化模式。在笔者看来，这种多元化模式应作如下三重维度的理解：
其一，行政机关与其他国家机构对国家所有权的代表行使。在《物权法》颁布之前，我国的国家所有权行使体系中，只有《土地管理法》和《国防法》等几部法律对特殊类型国有财产所有权的行使进行了授权性规定，对于总括性的国家所有权的行使的概括授权更是不存在的。也就是说，除土地、国防财产等个别国有财产是经法律授权行使外，其他国有财产事实上的行使主体都是缺乏合法的权利来源的。对于一个私法主体来说，这种未经授权即行使所有权的状况是不可想象的，甚至可以归为侵权。如果说在过去法制不健全的时代，此种无序的行使状况的存在还情有可原的话，那么在开始法制化进程几十年之后，这种状况就应当得到纠正。也正是基于此，《物权法》在第45条明确地将国有财产所有权授权国务院代表国家行使，补正了国务院概括行使国家所有权的权利来源合法化的问题。
《物权法》第45条第二款对国务院以外的国家机构代表行使国家所有权作了但书规定，即当法律另有规定的，从其规定。例如，《国防法》确立了国务院和中央军事委员会对国防财产所有权的代表行使主体资格。所谓国防财产，是指国家为武装力量建设、国防科研生产和其他国防建设直接投入的资金、划拨使用的土地等资源，以及由此形成的用于国防目的的武器装备和设备设施、物资器材等。按照我国宪法的规定，中央军事委员会是与国务院并列的国家机构，领导全国的武装力量。军队是国防资产的占有、使用者，为了便于对国防资产的管理，《国防法》第12、13条规定，国防资产由国务院和中央军事委员会会同管理。
