但相关理论或者相关结论至少存在两方面的问题：
(一)论证前提的错位
既有理论在论证诉讼时效应仅适用于请求权时，首先运用排除的方法对请求权之外的其他权利不得适用诉讼时效的情形进行了分析，但因这些论证的前提并不存在，故其论证不仅错位，而且毫无意义，不能成为论证诉讼时效仅适用于请求权的论据。
相关理论总是不厌其烦地指出，请求权之外的其他类型的权利均不得适用诉讼时效，其中包括支配权、形成权与抗辩权，[5]甚至还包括抵押权、留置权[6]等等。但如前所述，诉讼时效期间并非针对处于正常状态的实体权利(物权、债权、知识产权、人格权、身份权等)而设定的法定保护期间，亦非对程序性权利(形成权、抗辩权)或者资格性权利(监护权、代理权等)而设定的权利存续期间。诉讼时效成立的基础，是权利受不法侵害后，权利人之有权利不行使的事实状态。因此，无权利受侵害的事实，即无权利人寻求诉讼保护的余地，亦无诉讼时效适用的余地。而法律对于遭受侵害的权利予以救济的方法主要有两种：(1)本属请求权的权利(如债权)，如因义务人到期不为给付而受侵害者，赋予权利人以请求义务人实际履行债务以及承担违约责任的权利；(2)不属请求权的权利(如物权、身份权等)，如因他人之违法行为而遭受侵害者，赋予权利人以请求加害人承担损害赔偿及其他责任的权利。而诉讼时效的功能，仅在于规定权利人在其权利遭受侵害之后，行使法律所赋予的上述请求权的法定期间。因此，除有关请求权之外，其他任何权利(支配权、形成权、抗辩权等)不适用诉讼时效的论证，是一种错位的论证。而诉讼时效只能适用于请求权，则是一个显而易见、根本无需特别加以论证的问题。实际上，需要论证和确定的，不是诉讼时效是否仅仅适用于请求权，而是诉讼时效究竟适用于哪些请求权。
(二)结论的模糊性和不确定性
在民法理论上，由于“请求权”这一概念本身游离于既定实体权利分类之逻辑体系(即“物权、债权、知识产权、身份权”等)之外，故各种请求权相互之间不可能不出现交叉与重叠，由此必然导致既有理论所确定的“诉讼时效仅适用于请求权”的结论的模糊性和不确定性。
民法上的“请求权”是泛指请求特定人为特定给付的权利，对此，理论上似无分歧。但有关“请求权”这一概念的理解和运用，却存在一定的混乱。
在大陆法系民法的历史上，请求权(Anspruch)的概念系由德国法学家温德赛(Winscheid)由罗马法上的Actio发展而来，其认为于诉权(公权)之外，尚存在实体法上的请求权(私权)。基于其不同发生基础，请求权被进一步区分为物权请求权、债权请求权、人格权上的请求权以及身份权上的请求权等。对于请求权的性质，学者指出：请求权系由基础权利而发生，为“权利的表现，而非与权利同属一物”。[7]换言之，任何请求权均为权利产生或者包含的权利：债权请求权为债权的基本权能，由债权本身所包含；某些身份权上的请求权也为某些身份权的基本权能(如夫妻之间的同居请求权为配偶权的一部分内容)，但物权请求权、人格权上的请求权以及另一些身份权上的请求权，则系因权利受第三人侵害而发生。
